Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
MSH2P43246 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
MSH2P43246 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
MSH2P43246 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
MSH2P43246 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
MSH2P43246 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
MSH2P43246 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
MSH2P43246 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
MSH2P43246 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
MSH2P43246 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
MSH2P43246 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
MSH2P43246 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
MSH2P43246 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
MSH2P43246 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
MSH2P43246 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
MSH2P43246 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
MSH2P43246 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
MSH2P43246 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
MSH2P43246 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
MSH2P43246 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
MSH2P43246 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
MSH2P43246 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
MSH2P43246 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC27.34■■□□□ 1.97
MSH2P43246 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
MSH2P43246 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
MSH2P43246 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
MSH2P43246 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
MSH2P43246 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
MSH2P43246 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
MSH2P43246 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
MSH2P43246 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
MSH2P43246 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
MSH2P43246 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
MSH2P43246 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
MSH2P43246 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
MSH2P43246 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
MSH2P43246 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
MSH2P43246 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
MSH2P43246 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
MSH2P43246 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
MSH2P43246 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
MSH2P43246 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
MSH2P43246 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
MSH2P43246 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
MSH2P43246 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
MSH2P43246 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
MSH2P43246 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
MSH2P43246 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
MSH2P43246 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
MSH2P43246 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC27.21■■□□□ 1.95
MSH2P43246 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
MSH2P43246 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
MSH2P43246 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
MSH2P43246 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH2P43246 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH2P43246 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSH2P43246 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
MSH2P43246 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
MSH2P43246 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
MSH2P43246 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
MSH2P43246 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
MSH2P43246 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
MSH2P43246 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
MSH2P43246 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
MSH2P43246 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
MSH2P43246 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
MSH2P43246 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
MSH2P43246 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
MSH2P43246 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
MSH2P43246 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
MSH2P43246 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
MSH2P43246 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
MSH2P43246 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
MSH2P43246 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
MSH2P43246 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
MSH2P43246 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
MSH2P43246 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
MSH2P43246 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.92
MSH2P43246 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
MSH2P43246 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
MSH2P43246 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
MSH2P43246 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
MSH2P43246 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
MSH2P43246 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
MSH2P43246 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
MSH2P43246 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
MSH2P43246 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
MSH2P43246 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
MSH2P43246 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.92
MSH2P43246 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
MSH2P43246 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
MSH2P43246 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
MSH2P43246 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
MSH2P43246 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
MSH2P43246 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
MSH2P43246 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
MSH2P43246 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
MSH2P43246 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
MSH2P43246 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
MSH2P43246 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.9 ms