Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC35.33■■■■□ 3.25
COL5A3P25940 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.25
COL5A3P25940 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.25
COL5A3P25940 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
COL5A3P25940 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC35.3■■■■□ 3.24
COL5A3P25940 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC35.3■■■■□ 3.24
COL5A3P25940 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
COL5A3P25940 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
COL5A3P25940 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC35.29■■■■□ 3.24
COL5A3P25940 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC35.27■■■■□ 3.24
COL5A3P25940 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC35.27■■■■□ 3.24
COL5A3P25940 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
COL5A3P25940 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.24
COL5A3P25940 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.26■■■■□ 3.24
COL5A3P25940 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.23
COL5A3P25940 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC35.25■■■■□ 3.23
COL5A3P25940 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
COL5A3P25940 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
COL5A3P25940 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
COL5A3P25940 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
COL5A3P25940 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
COL5A3P25940 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC35.21■■■■□ 3.23
COL5A3P25940 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.22
COL5A3P25940 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
COL5A3P25940 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC35.19■■■■□ 3.22
COL5A3P25940 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC35.17■■■■□ 3.22
COL5A3P25940 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC35.15■■■■□ 3.22
COL5A3P25940 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC35.14■■■■□ 3.22
COL5A3P25940 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC35.14■■■■□ 3.22
COL5A3P25940 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC35.12■■■■□ 3.21
COL5A3P25940 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC35.11■■■■□ 3.21
COL5A3P25940 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.1■■■■□ 3.21
COL5A3P25940 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
COL5A3P25940 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
COL5A3P25940 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
COL5A3P25940 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC35.09■■■■□ 3.21
COL5A3P25940 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.08■■■■□ 3.21
COL5A3P25940 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.08■■■■□ 3.21
COL5A3P25940 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC35.08■■■■□ 3.21
COL5A3P25940 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.07■■■■□ 3.2
COL5A3P25940 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC35.06■■■■□ 3.2
COL5A3P25940 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
COL5A3P25940 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
COL5A3P25940 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
COL5A3P25940 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC35.04■■■■□ 3.2
COL5A3P25940 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC35.04■■■■□ 3.2
COL5A3P25940 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
COL5A3P25940 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
COL5A3P25940 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.19
COL5A3P25940 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.01■■■■□ 3.19
COL5A3P25940 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.98■■■■□ 3.19
COL5A3P25940 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC34.96■■■■□ 3.19
COL5A3P25940 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
COL5A3P25940 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
COL5A3P25940 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
COL5A3P25940 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
COL5A3P25940 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.9■■■■□ 3.18
COL5A3P25940 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC34.9■■■■□ 3.18
COL5A3P25940 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
COL5A3P25940 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
COL5A3P25940 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC34.89■■■■□ 3.18
COL5A3P25940 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC34.88■■■■□ 3.17
COL5A3P25940 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.87■■■■□ 3.17
COL5A3P25940 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC34.87■■■■□ 3.17
COL5A3P25940 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC34.87■■■■□ 3.17
COL5A3P25940 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC34.86■■■■□ 3.17
COL5A3P25940 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC34.86■■■■□ 3.17
COL5A3P25940 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC34.85■■■■□ 3.17
COL5A3P25940 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC34.85■■■■□ 3.17
COL5A3P25940 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.84■■■■□ 3.17
COL5A3P25940 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC34.84■■■■□ 3.17
COL5A3P25940 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.84■■■■□ 3.17
COL5A3P25940 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
COL5A3P25940 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.8■■■■□ 3.16
COL5A3P25940 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
COL5A3P25940 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.79■■■■□ 3.16
COL5A3P25940 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.78■■■■□ 3.16
COL5A3P25940 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
COL5A3P25940 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
COL5A3P25940 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
COL5A3P25940 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC34.78■■■■□ 3.16
COL5A3P25940 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC34.78■■■■□ 3.16
COL5A3P25940 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC34.76■■■■□ 3.16
COL5A3P25940 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.15
COL5A3P25940 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
COL5A3P25940 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC34.74■■■■□ 3.15
COL5A3P25940 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
COL5A3P25940 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
COL5A3P25940 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
COL5A3P25940 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC34.72■■■■□ 3.15
COL5A3P25940 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC34.72■■■■□ 3.15
COL5A3P25940 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
COL5A3P25940 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
COL5A3P25940 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC34.69■■■■□ 3.14
COL5A3P25940 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
COL5A3P25940 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
COL5A3P25940 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC34.69■■■■□ 3.14
COL5A3P25940 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
COL5A3P25940 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC34.68■■■■□ 3.14
COL5A3P25940 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.67■■■■□ 3.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.3 ms