Protein–RNA interactions for Protein: P20908

COL5A1, Collagen alpha-1(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,838 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A1P20908 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL5A1P20908 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL5A1P20908 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL5A1P20908 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL5A1P20908 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL5A1P20908 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL5A1P20908 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL5A1P20908 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL5A1P20908 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL5A1P20908 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL5A1P20908 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
COL5A1P20908 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
COL5A1P20908 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL5A1P20908 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL5A1P20908 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
COL5A1P20908 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC26.64■■□□□ 1.85
COL5A1P20908 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL5A1P20908 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL5A1P20908 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL5A1P20908 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL5A1P20908 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL5A1P20908 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL5A1P20908 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL5A1P20908 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL5A1P20908 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL5A1P20908 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL5A1P20908 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
COL5A1P20908 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC26.58■■□□□ 1.84
COL5A1P20908 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL5A1P20908 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
COL5A1P20908 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
COL5A1P20908 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
COL5A1P20908 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC26.54■■□□□ 1.84
COL5A1P20908 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
COL5A1P20908 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
COL5A1P20908 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
COL5A1P20908 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL5A1P20908 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL5A1P20908 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL5A1P20908 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL5A1P20908 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL5A1P20908 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL5A1P20908 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL5A1P20908 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL5A1P20908 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL5A1P20908 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.83
COL5A1P20908 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL5A1P20908 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL5A1P20908 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL5A1P20908 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL5A1P20908 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL5A1P20908 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL5A1P20908 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL5A1P20908 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL5A1P20908 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL5A1P20908 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
COL5A1P20908 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC26.39■■□□□ 1.81
COL5A1P20908 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL5A1P20908 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL5A1P20908 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL5A1P20908 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL5A1P20908 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL5A1P20908 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL5A1P20908 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
COL5A1P20908 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
COL5A1P20908 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL5A1P20908 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
COL5A1P20908 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
COL5A1P20908 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
COL5A1P20908 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
COL5A1P20908 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL5A1P20908 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COL5A1P20908 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
COL5A1P20908 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
COL5A1P20908 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL5A1P20908 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL5A1P20908 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
COL5A1P20908 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL5A1P20908 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL5A1P20908 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL5A1P20908 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL5A1P20908 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL5A1P20908 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
COL5A1P20908 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
COL5A1P20908 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL5A1P20908 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
COL5A1P20908 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL5A1P20908 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.23■■□□□ 1.79
COL5A1P20908 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
COL5A1P20908 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
COL5A1P20908 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL5A1P20908 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL5A1P20908 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
COL5A1P20908 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL5A1P20908 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL5A1P20908 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL5A1P20908 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL5A1P20908 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL5A1P20908 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL5A1P20908 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.1 ms