Protein–RNA interactions for Protein: O95197

RTN3, Reticulon-3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,032 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTN3O95197 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
RTN3O95197 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
RTN3O95197 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
RTN3O95197 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
RTN3O95197 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
RTN3O95197 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
RTN3O95197 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
RTN3O95197 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
RTN3O95197 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
RTN3O95197 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
RTN3O95197 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
RTN3O95197 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
RTN3O95197 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
RTN3O95197 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
RTN3O95197 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
RTN3O95197 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC28.55■■■□□ 2.16
RTN3O95197 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
RTN3O95197 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
RTN3O95197 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
RTN3O95197 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
RTN3O95197 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
RTN3O95197 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
RTN3O95197 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
RTN3O95197 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
RTN3O95197 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.15
RTN3O95197 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC28.51■■■□□ 2.15
RTN3O95197 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
RTN3O95197 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
RTN3O95197 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
RTN3O95197 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
RTN3O95197 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
RTN3O95197 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
RTN3O95197 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
RTN3O95197 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
RTN3O95197 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC28.46■■■□□ 2.15
RTN3O95197 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
RTN3O95197 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
RTN3O95197 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
RTN3O95197 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
RTN3O95197 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
RTN3O95197 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
RTN3O95197 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
RTN3O95197 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
RTN3O95197 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
RTN3O95197 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
RTN3O95197 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
RTN3O95197 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
RTN3O95197 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
RTN3O95197 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
RTN3O95197 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
RTN3O95197 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
RTN3O95197 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
RTN3O95197 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
RTN3O95197 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
RTN3O95197 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
RTN3O95197 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
RTN3O95197 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
RTN3O95197 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
RTN3O95197 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
RTN3O95197 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
RTN3O95197 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
RTN3O95197 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
RTN3O95197 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
RTN3O95197 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
RTN3O95197 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
RTN3O95197 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
RTN3O95197 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
RTN3O95197 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
RTN3O95197 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
RTN3O95197 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
RTN3O95197 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
RTN3O95197 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
RTN3O95197 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
RTN3O95197 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
RTN3O95197 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
RTN3O95197 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
RTN3O95197 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
RTN3O95197 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
RTN3O95197 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
RTN3O95197 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
RTN3O95197 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
RTN3O95197 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
RTN3O95197 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
RTN3O95197 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
RTN3O95197 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
RTN3O95197 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
RTN3O95197 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
RTN3O95197 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
RTN3O95197 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
RTN3O95197 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
RTN3O95197 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
RTN3O95197 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
RTN3O95197 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
RTN3O95197 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC28.19■■■□□ 2.1
RTN3O95197 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
RTN3O95197 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
RTN3O95197 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
RTN3O95197 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
RTN3O95197 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
RTN3O95197 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.4 ms