Protein–RNA interactions for Protein: O43556

SGCE, Epsilon-sarcoglycan, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SGCEO43556 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SGCEO43556 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SGCEO43556 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SGCEO43556 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SGCEO43556 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SGCEO43556 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SGCEO43556 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SGCEO43556 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SGCEO43556 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SGCEO43556 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SGCEO43556 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
SGCEO43556 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SGCEO43556 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SGCEO43556 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SGCEO43556 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SGCEO43556 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
SGCEO43556 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SGCEO43556 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SGCEO43556 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SGCEO43556 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SGCEO43556 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SGCEO43556 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
SGCEO43556 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SGCEO43556 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SGCEO43556 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SGCEO43556 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SGCEO43556 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SGCEO43556 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SGCEO43556 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SGCEO43556 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SGCEO43556 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
SGCEO43556 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
SGCEO43556 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SGCEO43556 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SGCEO43556 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SGCEO43556 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SGCEO43556 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SGCEO43556 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SGCEO43556 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SGCEO43556 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SGCEO43556 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SGCEO43556 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SGCEO43556 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SGCEO43556 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SGCEO43556 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SGCEO43556 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
SGCEO43556 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SGCEO43556 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SGCEO43556 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SGCEO43556 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SGCEO43556 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SGCEO43556 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SGCEO43556 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SGCEO43556 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SGCEO43556 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SGCEO43556 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SGCEO43556 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SGCEO43556 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SGCEO43556 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SGCEO43556 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SGCEO43556 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SGCEO43556 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SGCEO43556 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SGCEO43556 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SGCEO43556 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SGCEO43556 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SGCEO43556 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SGCEO43556 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SGCEO43556 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SGCEO43556 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SGCEO43556 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SGCEO43556 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
SGCEO43556 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SGCEO43556 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
SGCEO43556 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SGCEO43556 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SGCEO43556 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SGCEO43556 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
SGCEO43556 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SGCEO43556 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SGCEO43556 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SGCEO43556 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SGCEO43556 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SGCEO43556 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SGCEO43556 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SGCEO43556 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SGCEO43556 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SGCEO43556 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SGCEO43556 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SGCEO43556 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SGCEO43556 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SGCEO43556 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SGCEO43556 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SGCEO43556 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SGCEO43556 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SGCEO43556 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SGCEO43556 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SGCEO43556 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SGCEO43556 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SGCEO43556 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.1 ms