Protein–RNA interactions for Protein: O00560

SDCBP, Syntenin-1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 298 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDCBPO00560 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SDCBPO00560 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SDCBPO00560 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SDCBPO00560 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SDCBPO00560 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
SDCBPO00560 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SDCBPO00560 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SDCBPO00560 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SDCBPO00560 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
SDCBPO00560 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SDCBPO00560 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SDCBPO00560 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SDCBPO00560 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SDCBPO00560 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SDCBPO00560 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SDCBPO00560 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SDCBPO00560 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SDCBPO00560 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SDCBPO00560 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
SDCBPO00560 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SDCBPO00560 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SDCBPO00560 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SDCBPO00560 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SDCBPO00560 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SDCBPO00560 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
SDCBPO00560 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SDCBPO00560 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
SDCBPO00560 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SDCBPO00560 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SDCBPO00560 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SDCBPO00560 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SDCBPO00560 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SDCBPO00560 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SDCBPO00560 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SDCBPO00560 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SDCBPO00560 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SDCBPO00560 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SDCBPO00560 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SDCBPO00560 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SDCBPO00560 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SDCBPO00560 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SDCBPO00560 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SDCBPO00560 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SDCBPO00560 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SDCBPO00560 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SDCBPO00560 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SDCBPO00560 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SDCBPO00560 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SDCBPO00560 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SDCBPO00560 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SDCBPO00560 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SDCBPO00560 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SDCBPO00560 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SDCBPO00560 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SDCBPO00560 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SDCBPO00560 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SDCBPO00560 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SDCBPO00560 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SDCBPO00560 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SDCBPO00560 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SDCBPO00560 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SDCBPO00560 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SDCBPO00560 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SDCBPO00560 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SDCBPO00560 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SDCBPO00560 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SDCBPO00560 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SDCBPO00560 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SDCBPO00560 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDCBPO00560 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SDCBPO00560 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SDCBPO00560 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SDCBPO00560 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SDCBPO00560 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SDCBPO00560 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SDCBPO00560 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SDCBPO00560 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SDCBPO00560 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SDCBPO00560 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SDCBPO00560 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SDCBPO00560 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SDCBPO00560 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SDCBPO00560 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SDCBPO00560 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SDCBPO00560 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SDCBPO00560 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SDCBPO00560 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SDCBPO00560 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SDCBPO00560 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SDCBPO00560 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SDCBPO00560 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
SDCBPO00560 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SDCBPO00560 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SDCBPO00560 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SDCBPO00560 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SDCBPO00560 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SDCBPO00560 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SDCBPO00560 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SDCBPO00560 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SDCBPO00560 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms