Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HOXD3P31249 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
HOXD3P31249 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.3 ms