Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PTPN4P29074 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
PTPN4P29074 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PTPN4P29074 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms