Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

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Length 608 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TDP1Q9NUW8 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
TDP1Q9NUW8 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TDP1Q9NUW8 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TDP1Q9NUW8 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TDP1Q9NUW8 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TDP1Q9NUW8 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TDP1Q9NUW8 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
TDP1Q9NUW8 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TDP1Q9NUW8 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TDP1Q9NUW8 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TDP1Q9NUW8 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TDP1Q9NUW8 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TDP1Q9NUW8 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
TDP1Q9NUW8 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
TDP1Q9NUW8 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
TDP1Q9NUW8 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TDP1Q9NUW8 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TDP1Q9NUW8 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TDP1Q9NUW8 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TDP1Q9NUW8 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TDP1Q9NUW8 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TDP1Q9NUW8 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
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