Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
CHMP4AQ9BY43 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CHMP4AQ9BY43 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CHMP4AQ9BY43 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms