Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AGPAT5P1-201ENST00000455855 1019 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 LINC02063-201ENST00000503415 566 ntTSL 4 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 EEF1GP8-201ENST00000506566 1154 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC100858.1-201ENST00000514059 1228 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 TREHP1-201ENST00000531328 465 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 HIST2H2BF-204ENST00000545683 999 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC016266.1-201ENST00000557558 729 ntTSL 3 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 LOXL1-AS1-207ENST00000565689 735 ntTSL 3 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC136944.4-201ENST00000568893 660 ntTSL 4 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC099684.2-201ENST00000574520 870 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 NT5C-204ENST00000578337 582 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 C17orf62-216ENST00000578919 841 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CCDC113-206ENST00000616795 891 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SP8-203ENST00000617581 3496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AFF1-201ENST00000307808 9390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 FDFT1-214ENST00000528812 2013 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SNX19-213ENST00000534726 1656 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ARL1-202ENST00000536227 1322 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ITGB3-201ENST00000559488 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SLC26A1-201ENST00000361661 3660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 RPL18A-205ENST00000600147 1391 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ATL2-210ENST00000452935 2199 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AL139260.2-201ENST00000622355 2171 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 RPGRIP1-210ENST00000556336 2955 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 TNFAIP8L1-201ENST00000327473 3814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 TNFAIP8L1-202ENST00000536716 3845 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 UBE3A-228ENST00000638155 9131 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ALG11-203ENST00000523764 1404 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 PTPN9-201ENST00000306726 3862 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC8-201ENST00000320602 3072 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 MTRF1L-202ENST00000367231 3539 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 FAM193A-201ENST00000324666 4846 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC011462.1-202ENST00000540732 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AL672207.1-201ENST00000328462 1570 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 LCOR-203ENST00000371097 4852 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 NUMB-216ENST00000555394 3037 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 FOXF1-201ENST00000262426 3516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CBFA2T3-202ENST00000327483 4033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 WDR20-203ENST00000335263 2616 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 TIGD1-201ENST00000408957 2625 ntAPPRIS P1 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SVOPL-203ENST00000421622 1653 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 GAB2-202ENST00000361507 6092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 MUC1-223ENST00000611571 4170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC6-201ENST00000369404 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CLTCL1-212ENST00000622493 1714 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ABCA2-203ENST00000371605 8151 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CCNF-202ENST00000397066 4283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 TGOLN2-204ENST00000409015 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 VEGFA-201ENST00000230480 993 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SYCN-201ENST00000318438 573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 PLA2G12B-201ENST00000373032 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 GAPDH-203ENST00000396858 1292 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AP000354.1-201ENST00000396982 456 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CCL24-202ENST00000416943 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 GS1-124K5.4-201ENST00000445681 540 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 RPL9-203ENST00000449470 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 STK24P1-201ENST00000455035 1291 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 RN7SL582P-201ENST00000491078 279 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 RPS23-207ENST00000511844 530 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 LINC01485-202ENST00000520324 566 ntTSL 4 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 FAM86B3P-203ENST00000523992 854 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 YPEL4-209ENST00000534711 889 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 TMBIM4-208ENST00000542724 770 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 BATF-202ENST00000555504 361 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 GOLGA2P7-209ENST00000560408 745 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ATP2A1-AS1-201ENST00000561547 558 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC009119.2-201ENST00000561562 723 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 COX5A-205ENST00000568517 582 ntTSL 3 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC008972.2-201ENST00000606587 494 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC006483.2-201ENST00000609813 515 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CAMKV-202ENST00000463537 2818 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CAPN5-201ENST00000278559 4397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 HMGA1-203ENST00000374116 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CNOT3-201ENST00000221232 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 MC5R-201ENST00000324750 1319 ntAPPRIS P1 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SCAF11-203ENST00000395453 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 TEAD3-201ENST00000338863 2983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ANXA5-202ENST00000501272 1363 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 DIO3OS-208ENST00000556120 2473 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ELF4-201ENST00000308167 4165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 DESI2-202ENST00000302550 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 DUT-208ENST00000559540 1441 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SPTBN2-201ENST00000309996 7866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 DGCR8-201ENST00000351989 4514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 VRK3-217ENST00000599538 2126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 PCGF2-203ENST00000616129 1534 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 VSIG10L-201ENST00000335624 3397 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CCT3-201ENST00000295688 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 PHF14-215ENST00000634607 3407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 HPS3-201ENST00000296051 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ATG14-201ENST00000247178 4742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 NEK4-201ENST00000233027 6057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 HAGLR-202ENST00000416928 4235 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 PSMG2-201ENST00000317615 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SPIN3-245ENST00000640768 1722 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CEP78-203ENST00000376598 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SH3PXD2A-203ENST00000369774 11468 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 FLNC-202ENST00000346177 9042 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CEP85L-203ENST00000368491 7673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 NUMA1-233ENST00000616538 6998 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.6 ms