Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 PTPRVP-205ENST00000641549 5067 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 MYNN-201ENST00000349841 4999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 CORO7-201ENST00000251166 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 TDRD5-201ENST00000294848 3525 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 SEC13-202ENST00000350697 1425 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 EMP1-211ENST00000544053 1436 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP45-202ENST00000539243 4184 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 PNPLA3-201ENST00000216180 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AC019109.1-201ENST00000401725 1874 ntBASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ZNF365-207ENST00000410046 3379 ntTSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 MGEA5-201ENST00000357797 3263 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 CLUAP1-202ENST00000571025 5126 ntTSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 BAG2-201ENST00000370693 6651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 PIK3R3-203ENST00000420542 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 RFTN1-203ENST00000432519 2695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AC007952.5-201ENST00000572818 1486 ntBASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 SYT5-201ENST00000354308 3792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 FAM124B-201ENST00000243806 2030 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ZNF460-202ENST00000537645 2037 ntTSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ZNF362-205ENST00000539719 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 NUDT3-201ENST00000607016 9905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 SAFB-201ENST00000292123 3042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 MSANTD2P1-201ENST00000445341 1368 ntBASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 SLC7A8-212ENST00000529705 1819 ntTSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 DDX54-202ENST00000314045 4380 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 TTPAL-203ENST00000372906 1139 ntTSL 3 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 TRBV4-1-201ENST00000390357 373 ntAPPRIS P1 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 TRBV4-2-201ENST00000390392 455 ntAPPRIS P1 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 SKA1-202ENST00000398452 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AC016757.1-202ENST00000409376 892 ntTSL 3 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ORMDL1-204ENST00000409519 1223 ntTSL 3 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 FAM92A-202ENST00000423990 914 ntTSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AC156455.1-203ENST00000423999 893 ntTSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 THRB-AS1-202ENST00000438096 702 ntTSL 3 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 PGAM1P12-201ENST00000505622 748 ntBASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 CHTF8-204ENST00000518041 567 ntTSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 CYB561D1-207ENST00000527072 892 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 VENTXP3-201ENST00000546480 773 ntBASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 MIR4265-201ENST00000582152 99 ntBASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 LINC00969-257ENST00000625632 898 ntTSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 HELLS-212ENST00000630929 400 ntTSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 MOV10L1-202ENST00000354853 1701 ntTSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 OSBPL5-203ENST00000389989 3619 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 PDE1B-207ENST00000550620 2150 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 SMC5-201ENST00000361138 5980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 MYO15B-236ENST00000633867 6323 ntTSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ODCP-201ENST00000459650 1639 ntBASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 NCOR2-208ENST00000429285 8475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 GALNT7-201ENST00000265000 4307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 DIRAS3-201ENST00000370981 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 KCTD6-202ENST00000404589 1533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 TCAM1P-207ENST00000485295 1537 ntBASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 FBXO21-202ENST00000427718 4138 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 LINC01662-201ENST00000342888 1859 ntTSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 LINC00937-207ENST00000544461 3033 ntTSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 LINC02486-201ENST00000604157 3000 ntBASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 SEPT9-244ENST00000592420 2588 ntTSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ZNF286B-205ENST00000545289 5328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 TOR2A-202ENST00000373281 2477 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 FXYD3-208ENST00000604404 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 CCL18-201ENST00000616054 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 POLR2E-213ENST00000615234 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 GIPC3-201ENST00000322315 4335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 EIF4G1-207ENST00000411531 4683 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 SMOC2-201ENST00000354536 3150 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 PODN-207ENST00000618387 3065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 TBKBP1-201ENST00000361722 4121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AC104129.1-202ENST00000480694 4481 ntTSL 2 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 RB1-201ENST00000267163 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 TKT-201ENST00000296289 1931 ntTSL 5 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 PWWP2A-201ENST00000307063 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 TMEM45A-202ENST00000403410 1910 ntTSL 5 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 PAPSS2-201ENST00000361175 3949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC10-201ENST00000291574 6976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 SESN3-203ENST00000536441 9558 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 LGALS12-204ENST00000415491 1816 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 COG3-206ENST00000617493 1809 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 PRAMEF25-202ENST00000619661 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 RPL13AP3-202ENST00000494676 1473 ntBASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 METTL13-202ENST00000362019 3022 ntTSL 2 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 CUEDC1-206ENST00000577830 3621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 PRMT7-201ENST00000339507 4238 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ARC-201ENST00000356613 2948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 GOT2-202ENST00000434819 1615 ntTSL 2 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 UHMK1-203ENST00000538489 8446 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 CRYGC-201ENST00000282141 629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 OBSCN-AS1-201ENST00000295012 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 MBD3L3-201ENST00000333843 775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 FAM163B-201ENST00000356873 1131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 RBM14-204ENST00000409738 372 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AC108734.2-201ENST00000420887 1069 ntBASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AL020996.1-201ENST00000442055 435 ntTSL 2 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AC253536.3-201ENST00000444093 558 ntTSL 3 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AP001062.3-202ENST00000444409 619 ntTSL 2 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 FRMD4A-204ENST00000475141 1233 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AC010234.1-201ENST00000494599 870 ntBASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 IGHV1-12-201ENST00000518307 205 ntBASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ZNF268-210ENST00000541211 781 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AC011444.1-201ENST00000587836 639 ntTSL 3 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AC003006.1-202ENST00000594684 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.9 ms