Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS4AQ9UN37 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS4AQ9UN37 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.9 ms