Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHHQ15465 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHHQ15465 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHHQ15465 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHHQ15465 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHHQ15465 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHHQ15465 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHHQ15465 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHHQ15465 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHHQ15465 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHHQ15465 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHHQ15465 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
SHHQ15465 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHHQ15465 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SHHQ15465 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHHQ15465 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHHQ15465 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHHQ15465 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHHQ15465 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHHQ15465 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHHQ15465 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHHQ15465 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHHQ15465 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
SHHQ15465 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHHQ15465 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
SHHQ15465 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHHQ15465 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHHQ15465 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHHQ15465 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHHQ15465 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHHQ15465 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SHHQ15465 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SHHQ15465 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SHHQ15465 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SHHQ15465 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SHHQ15465 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SHHQ15465 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SHHQ15465 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SHHQ15465 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SHHQ15465 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SHHQ15465 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SHHQ15465 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHHQ15465 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHHQ15465 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHHQ15465 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHHQ15465 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHHQ15465 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHHQ15465 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
SHHQ15465 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHHQ15465 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHHQ15465 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHHQ15465 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHHQ15465 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHHQ15465 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHHQ15465 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHHQ15465 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
SHHQ15465 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHHQ15465 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
SHHQ15465 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHHQ15465 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHHQ15465 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHHQ15465 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHHQ15465 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHHQ15465 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHHQ15465 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHHQ15465 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHHQ15465 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHHQ15465 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHHQ15465 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHHQ15465 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHHQ15465 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHHQ15465 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHHQ15465 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHHQ15465 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHHQ15465 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
SHHQ15465 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
SHHQ15465 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHHQ15465 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHHQ15465 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHHQ15465 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHHQ15465 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHHQ15465 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHHQ15465 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHHQ15465 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHHQ15465 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHHQ15465 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHHQ15465 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SHHQ15465 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SHHQ15465 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SHHQ15465 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SHHQ15465 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SHHQ15465 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
SHHQ15465 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC24.33■■□□□ 1.48
SHHQ15465 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
SHHQ15465 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHHQ15465 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHHQ15465 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHHQ15465 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHHQ15465 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHHQ15465 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
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