Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5E6

PCDHB3, Protocadherin beta-3, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDHB3Q9Y5E6 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
PCDHB3Q9Y5E6 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
PCDHB3Q9Y5E6 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
PCDHB3Q9Y5E6 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
PCDHB3Q9Y5E6 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
PCDHB3Q9Y5E6 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
PCDHB3Q9Y5E6 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
PCDHB3Q9Y5E6 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
PCDHB3Q9Y5E6 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
PCDHB3Q9Y5E6 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
PCDHB3Q9Y5E6 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
PCDHB3Q9Y5E6 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
PCDHB3Q9Y5E6 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
PCDHB3Q9Y5E6 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
PCDHB3Q9Y5E6 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
PCDHB3Q9Y5E6 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
PCDHB3Q9Y5E6 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
PCDHB3Q9Y5E6 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
PCDHB3Q9Y5E6 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
PCDHB3Q9Y5E6 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
PCDHB3Q9Y5E6 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
PCDHB3Q9Y5E6 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
PCDHB3Q9Y5E6 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
PCDHB3Q9Y5E6 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
PCDHB3Q9Y5E6 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC26.96■■□□□ 1.91
PCDHB3Q9Y5E6 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
PCDHB3Q9Y5E6 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
PCDHB3Q9Y5E6 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
PCDHB3Q9Y5E6 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
PCDHB3Q9Y5E6 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC26.92■■□□□ 1.9
PCDHB3Q9Y5E6 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC26.91■■□□□ 1.9
PCDHB3Q9Y5E6 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
PCDHB3Q9Y5E6 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
PCDHB3Q9Y5E6 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
PCDHB3Q9Y5E6 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC26.89■■□□□ 1.9
PCDHB3Q9Y5E6 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
PCDHB3Q9Y5E6 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
PCDHB3Q9Y5E6 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
PCDHB3Q9Y5E6 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
PCDHB3Q9Y5E6 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
PCDHB3Q9Y5E6 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
PCDHB3Q9Y5E6 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
PCDHB3Q9Y5E6 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
PCDHB3Q9Y5E6 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
PCDHB3Q9Y5E6 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
PCDHB3Q9Y5E6 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
PCDHB3Q9Y5E6 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
PCDHB3Q9Y5E6 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
PCDHB3Q9Y5E6 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
PCDHB3Q9Y5E6 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
PCDHB3Q9Y5E6 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
PCDHB3Q9Y5E6 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
PCDHB3Q9Y5E6 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
PCDHB3Q9Y5E6 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
PCDHB3Q9Y5E6 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
PCDHB3Q9Y5E6 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
PCDHB3Q9Y5E6 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
PCDHB3Q9Y5E6 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
PCDHB3Q9Y5E6 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
PCDHB3Q9Y5E6 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
PCDHB3Q9Y5E6 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
PCDHB3Q9Y5E6 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
PCDHB3Q9Y5E6 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
PCDHB3Q9Y5E6 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
PCDHB3Q9Y5E6 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
PCDHB3Q9Y5E6 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
PCDHB3Q9Y5E6 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
PCDHB3Q9Y5E6 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
PCDHB3Q9Y5E6 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
PCDHB3Q9Y5E6 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
PCDHB3Q9Y5E6 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
PCDHB3Q9Y5E6 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
PCDHB3Q9Y5E6 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
PCDHB3Q9Y5E6 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
PCDHB3Q9Y5E6 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
PCDHB3Q9Y5E6 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
PCDHB3Q9Y5E6 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
PCDHB3Q9Y5E6 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
PCDHB3Q9Y5E6 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
PCDHB3Q9Y5E6 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC26.61■■□□□ 1.85
PCDHB3Q9Y5E6 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
PCDHB3Q9Y5E6 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
PCDHB3Q9Y5E6 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC26.59■■□□□ 1.85
PCDHB3Q9Y5E6 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
PCDHB3Q9Y5E6 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
PCDHB3Q9Y5E6 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
PCDHB3Q9Y5E6 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.57■■□□□ 1.84
PCDHB3Q9Y5E6 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
PCDHB3Q9Y5E6 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
PCDHB3Q9Y5E6 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
PCDHB3Q9Y5E6 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
PCDHB3Q9Y5E6 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC26.55■■□□□ 1.84
PCDHB3Q9Y5E6 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
PCDHB3Q9Y5E6 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
PCDHB3Q9Y5E6 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
PCDHB3Q9Y5E6 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
PCDHB3Q9Y5E6 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
PCDHB3Q9Y5E6 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
PCDHB3Q9Y5E6 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
PCDHB3Q9Y5E6 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.5 ms