Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC32.92■■■□□ 2.86
LIMCH1Q9UPQ0 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
LIMCH1Q9UPQ0 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC32.88■■■□□ 2.85
LIMCH1Q9UPQ0 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC32.86■■■□□ 2.85
LIMCH1Q9UPQ0 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC32.85■■■□□ 2.85
LIMCH1Q9UPQ0 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC32.85■■■□□ 2.85
LIMCH1Q9UPQ0 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC32.84■■■□□ 2.85
LIMCH1Q9UPQ0 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.83■■■□□ 2.85
LIMCH1Q9UPQ0 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.82■■■□□ 2.85
LIMCH1Q9UPQ0 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.84
LIMCH1Q9UPQ0 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC32.81■■■□□ 2.84
LIMCH1Q9UPQ0 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.79■■■□□ 2.84
LIMCH1Q9UPQ0 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
LIMCH1Q9UPQ0 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
LIMCH1Q9UPQ0 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
LIMCH1Q9UPQ0 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.84
LIMCH1Q9UPQ0 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC32.76■■■□□ 2.83
LIMCH1Q9UPQ0 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC32.76■■■□□ 2.83
LIMCH1Q9UPQ0 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
LIMCH1Q9UPQ0 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC32.75■■■□□ 2.83
LIMCH1Q9UPQ0 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
LIMCH1Q9UPQ0 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
LIMCH1Q9UPQ0 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC32.71■■■□□ 2.83
LIMCH1Q9UPQ0 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.83
LIMCH1Q9UPQ0 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.83
LIMCH1Q9UPQ0 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.82
LIMCH1Q9UPQ0 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC32.69■■■□□ 2.82
LIMCH1Q9UPQ0 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
LIMCH1Q9UPQ0 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
LIMCH1Q9UPQ0 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
LIMCH1Q9UPQ0 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC32.67■■■□□ 2.82
LIMCH1Q9UPQ0 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
LIMCH1Q9UPQ0 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
LIMCH1Q9UPQ0 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
LIMCH1Q9UPQ0 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC32.64■■■□□ 2.82
LIMCH1Q9UPQ0 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC32.63■■■□□ 2.81
LIMCH1Q9UPQ0 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
LIMCH1Q9UPQ0 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC32.61■■■□□ 2.81
LIMCH1Q9UPQ0 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
LIMCH1Q9UPQ0 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC32.61■■■□□ 2.81
LIMCH1Q9UPQ0 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC32.6■■■□□ 2.81
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
LIMCH1Q9UPQ0 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
LIMCH1Q9UPQ0 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
LIMCH1Q9UPQ0 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.8
LIMCH1Q9UPQ0 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC32.51■■■□□ 2.8
LIMCH1Q9UPQ0 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
LIMCH1Q9UPQ0 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC32.5■■■□□ 2.79
LIMCH1Q9UPQ0 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC32.5■■■□□ 2.79
LIMCH1Q9UPQ0 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
LIMCH1Q9UPQ0 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.5■■■□□ 2.79
LIMCH1Q9UPQ0 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
LIMCH1Q9UPQ0 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC32.49■■■□□ 2.79
LIMCH1Q9UPQ0 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC32.48■■■□□ 2.79
LIMCH1Q9UPQ0 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
LIMCH1Q9UPQ0 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
LIMCH1Q9UPQ0 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.46■■■□□ 2.79
LIMCH1Q9UPQ0 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
LIMCH1Q9UPQ0 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
LIMCH1Q9UPQ0 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC32.41■■■□□ 2.78
LIMCH1Q9UPQ0 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC32.41■■■□□ 2.78
LIMCH1Q9UPQ0 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
LIMCH1Q9UPQ0 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC32.39■■■□□ 2.78
LIMCH1Q9UPQ0 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
LIMCH1Q9UPQ0 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC32.37■■■□□ 2.77
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC32.37■■■□□ 2.77
LIMCH1Q9UPQ0 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
LIMCH1Q9UPQ0 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC32.35■■■□□ 2.77
LIMCH1Q9UPQ0 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC32.34■■■□□ 2.77
LIMCH1Q9UPQ0 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
LIMCH1Q9UPQ0 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
LIMCH1Q9UPQ0 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC32.31■■■□□ 2.76
LIMCH1Q9UPQ0 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
LIMCH1Q9UPQ0 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC32.3■■■□□ 2.76
LIMCH1Q9UPQ0 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
LIMCH1Q9UPQ0 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
LIMCH1Q9UPQ0 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
LIMCH1Q9UPQ0 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
LIMCH1Q9UPQ0 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
LIMCH1Q9UPQ0 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC32.25■■■□□ 2.75
LIMCH1Q9UPQ0 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
LIMCH1Q9UPQ0 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
LIMCH1Q9UPQ0 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
LIMCH1Q9UPQ0 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
LIMCH1Q9UPQ0 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
LIMCH1Q9UPQ0 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.74
LIMCH1Q9UPQ0 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
LIMCH1Q9UPQ0 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
LIMCH1Q9UPQ0 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC32.18■■■□□ 2.74
LIMCH1Q9UPQ0 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
LIMCH1Q9UPQ0 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
LIMCH1Q9UPQ0 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC32.14■■■□□ 2.74
LIMCH1Q9UPQ0 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
LIMCH1Q9UPQ0 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC32.1■■■□□ 2.73
LIMCH1Q9UPQ0 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
LIMCH1Q9UPQ0 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms