Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRQ5

SMCO4, Single-pass membrane and coiled-coil domain-containing protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 59 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMCO4Q9NRQ5 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMCO4Q9NRQ5 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMCO4Q9NRQ5 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMCO4Q9NRQ5 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMCO4Q9NRQ5 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMCO4Q9NRQ5 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMCO4Q9NRQ5 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMCO4Q9NRQ5 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMCO4Q9NRQ5 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMCO4Q9NRQ5 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMCO4Q9NRQ5 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMCO4Q9NRQ5 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SMCO4Q9NRQ5 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMCO4Q9NRQ5 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMCO4Q9NRQ5 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMCO4Q9NRQ5 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMCO4Q9NRQ5 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMCO4Q9NRQ5 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMCO4Q9NRQ5 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMCO4Q9NRQ5 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMCO4Q9NRQ5 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMCO4Q9NRQ5 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SMCO4Q9NRQ5 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SMCO4Q9NRQ5 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SMCO4Q9NRQ5 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMCO4Q9NRQ5 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SMCO4Q9NRQ5 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SMCO4Q9NRQ5 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SMCO4Q9NRQ5 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SMCO4Q9NRQ5 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SMCO4Q9NRQ5 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SMCO4Q9NRQ5 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SMCO4Q9NRQ5 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SMCO4Q9NRQ5 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SMCO4Q9NRQ5 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SMCO4Q9NRQ5 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SMCO4Q9NRQ5 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SMCO4Q9NRQ5 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMCO4Q9NRQ5 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMCO4Q9NRQ5 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
SMCO4Q9NRQ5 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
SMCO4Q9NRQ5 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMCO4Q9NRQ5 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMCO4Q9NRQ5 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SMCO4Q9NRQ5 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMCO4Q9NRQ5 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMCO4Q9NRQ5 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMCO4Q9NRQ5 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMCO4Q9NRQ5 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMCO4Q9NRQ5 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMCO4Q9NRQ5 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMCO4Q9NRQ5 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMCO4Q9NRQ5 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMCO4Q9NRQ5 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMCO4Q9NRQ5 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMCO4Q9NRQ5 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMCO4Q9NRQ5 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMCO4Q9NRQ5 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
SMCO4Q9NRQ5 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
SMCO4Q9NRQ5 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMCO4Q9NRQ5 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMCO4Q9NRQ5 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMCO4Q9NRQ5 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMCO4Q9NRQ5 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SMCO4Q9NRQ5 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
SMCO4Q9NRQ5 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SMCO4Q9NRQ5 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SMCO4Q9NRQ5 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SMCO4Q9NRQ5 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SMCO4Q9NRQ5 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SMCO4Q9NRQ5 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SMCO4Q9NRQ5 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SMCO4Q9NRQ5 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SMCO4Q9NRQ5 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SMCO4Q9NRQ5 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SMCO4Q9NRQ5 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SMCO4Q9NRQ5 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SMCO4Q9NRQ5 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SMCO4Q9NRQ5 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SMCO4Q9NRQ5 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SMCO4Q9NRQ5 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SMCO4Q9NRQ5 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SMCO4Q9NRQ5 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SMCO4Q9NRQ5 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SMCO4Q9NRQ5 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SMCO4Q9NRQ5 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SMCO4Q9NRQ5 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SMCO4Q9NRQ5 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SMCO4Q9NRQ5 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SMCO4Q9NRQ5 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SMCO4Q9NRQ5 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SMCO4Q9NRQ5 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SMCO4Q9NRQ5 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SMCO4Q9NRQ5 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMCO4Q9NRQ5 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMCO4Q9NRQ5 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMCO4Q9NRQ5 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SMCO4Q9NRQ5 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SMCO4Q9NRQ5 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SMCO4Q9NRQ5 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.3 ms