Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
VMP1Q96GC9 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
VMP1Q96GC9 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VMP1Q96GC9 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VMP1Q96GC9 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
VMP1Q96GC9 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
VMP1Q96GC9 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
VMP1Q96GC9 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
VMP1Q96GC9 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VMP1Q96GC9 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VMP1Q96GC9 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VMP1Q96GC9 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VMP1Q96GC9 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VMP1Q96GC9 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VMP1Q96GC9 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VMP1Q96GC9 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
VMP1Q96GC9 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
VMP1Q96GC9 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
VMP1Q96GC9 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
VMP1Q96GC9 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
VMP1Q96GC9 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
VMP1Q96GC9 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
VMP1Q96GC9 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
VMP1Q96GC9 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
VMP1Q96GC9 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
VMP1Q96GC9 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC26.11■■□□□ 1.77
VMP1Q96GC9 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VMP1Q96GC9 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
VMP1Q96GC9 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VMP1Q96GC9 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
VMP1Q96GC9 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
VMP1Q96GC9 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VMP1Q96GC9 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VMP1Q96GC9 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VMP1Q96GC9 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
VMP1Q96GC9 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VMP1Q96GC9 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VMP1Q96GC9 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
VMP1Q96GC9 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VMP1Q96GC9 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
VMP1Q96GC9 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VMP1Q96GC9 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VMP1Q96GC9 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
VMP1Q96GC9 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC25.97■■□□□ 1.75
VMP1Q96GC9 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC25.97■■□□□ 1.75
VMP1Q96GC9 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VMP1Q96GC9 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VMP1Q96GC9 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
VMP1Q96GC9 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VMP1Q96GC9 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
VMP1Q96GC9 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC25.95■■□□□ 1.74
VMP1Q96GC9 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
VMP1Q96GC9 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VMP1Q96GC9 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC25.94■■□□□ 1.74
VMP1Q96GC9 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
VMP1Q96GC9 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VMP1Q96GC9 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
VMP1Q96GC9 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
VMP1Q96GC9 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VMP1Q96GC9 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VMP1Q96GC9 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
VMP1Q96GC9 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VMP1Q96GC9 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
VMP1Q96GC9 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
VMP1Q96GC9 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
VMP1Q96GC9 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
VMP1Q96GC9 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
VMP1Q96GC9 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
VMP1Q96GC9 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
VMP1Q96GC9 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VMP1Q96GC9 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VMP1Q96GC9 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VMP1Q96GC9 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VMP1Q96GC9 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VMP1Q96GC9 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
VMP1Q96GC9 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
VMP1Q96GC9 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
VMP1Q96GC9 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
VMP1Q96GC9 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
VMP1Q96GC9 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VMP1Q96GC9 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
VMP1Q96GC9 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VMP1Q96GC9 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
VMP1Q96GC9 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
VMP1Q96GC9 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
VMP1Q96GC9 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VMP1Q96GC9 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VMP1Q96GC9 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
VMP1Q96GC9 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VMP1Q96GC9 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VMP1Q96GC9 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC25.72■■□□□ 1.71
VMP1Q96GC9 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VMP1Q96GC9 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
VMP1Q96GC9 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VMP1Q96GC9 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VMP1Q96GC9 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VMP1Q96GC9 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VMP1Q96GC9 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
VMP1Q96GC9 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VMP1Q96GC9 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.5 ms