Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC54Q8NEL0 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC54Q8NEL0 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC54Q8NEL0 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC54Q8NEL0 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC54Q8NEL0 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC54Q8NEL0 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC54Q8NEL0 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC54Q8NEL0 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC54Q8NEL0 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC54Q8NEL0 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC54Q8NEL0 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC54Q8NEL0 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC54Q8NEL0 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC54Q8NEL0 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC54Q8NEL0 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC54Q8NEL0 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC54Q8NEL0 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC54Q8NEL0 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC54Q8NEL0 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC54Q8NEL0 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC54Q8NEL0 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC54Q8NEL0 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC54Q8NEL0 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC54Q8NEL0 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC54Q8NEL0 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC54Q8NEL0 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC54Q8NEL0 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC54Q8NEL0 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC54Q8NEL0 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC54Q8NEL0 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC54Q8NEL0 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.43
CCDC54Q8NEL0 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC54Q8NEL0 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC54Q8NEL0 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC54Q8NEL0 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC54Q8NEL0 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC54Q8NEL0 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC54Q8NEL0 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC54Q8NEL0 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC54Q8NEL0 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC54Q8NEL0 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC54Q8NEL0 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC54Q8NEL0 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC54Q8NEL0 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC54Q8NEL0 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC54Q8NEL0 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC54Q8NEL0 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC54Q8NEL0 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC54Q8NEL0 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC54Q8NEL0 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC54Q8NEL0 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC54Q8NEL0 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC54Q8NEL0 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC54Q8NEL0 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC54Q8NEL0 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC54Q8NEL0 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC54Q8NEL0 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC54Q8NEL0 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC54Q8NEL0 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC54Q8NEL0 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC54Q8NEL0 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC54Q8NEL0 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC54Q8NEL0 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC54Q8NEL0 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC54Q8NEL0 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC54Q8NEL0 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC54Q8NEL0 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC54Q8NEL0 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC54Q8NEL0 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
CCDC54Q8NEL0 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC54Q8NEL0 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC54Q8NEL0 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC54Q8NEL0 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC54Q8NEL0 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC54Q8NEL0 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC54Q8NEL0 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC54Q8NEL0 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC54Q8NEL0 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC54Q8NEL0 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC54Q8NEL0 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC54Q8NEL0 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC54Q8NEL0 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CCDC54Q8NEL0 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC54Q8NEL0 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC54Q8NEL0 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC54Q8NEL0 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC54Q8NEL0 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC54Q8NEL0 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC54Q8NEL0 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC54Q8NEL0 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC54Q8NEL0 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC54Q8NEL0 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC54Q8NEL0 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC54Q8NEL0 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC54Q8NEL0 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC54Q8NEL0 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC54Q8NEL0 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC54Q8NEL0 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC54Q8NEL0 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.5 ms