Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC48.24■■■■■ 5.31
CUX1P39880 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC48.23■■■■■ 5.31
CUX1P39880 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC48.23■■■■■ 5.31
CUX1P39880 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC48.21■■■■■ 5.31
CUX1P39880 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC48.21■■■■■ 5.31
CUX1P39880 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC48.21■■■■■ 5.31
CUX1P39880 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.12■■■■■ 5.29
CUX1P39880 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC48.12■■■■■ 5.29
CUX1P39880 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC48.12■■■■■ 5.29
CUX1P39880 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC48.11■■■■■ 5.29
CUX1P39880 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.11■■■■■ 5.29
CUX1P39880 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC47.98■■■■■ 5.27
CUX1P39880 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC47.97■■■■■ 5.27
CUX1P39880 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC47.96■■■■■ 5.27
CUX1P39880 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC47.96■■■■■ 5.27
CUX1P39880 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC47.94■■■■■ 5.26
CUX1P39880 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC47.93■■■■■ 5.26
CUX1P39880 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.93■■■■■ 5.26
CUX1P39880 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC47.91■■■■■ 5.26
CUX1P39880 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC47.85■■■■■ 5.25
CUX1P39880 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC47.83■■■■■ 5.25
CUX1P39880 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC47.82■■■■■ 5.25
CUX1P39880 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC47.82■■■■■ 5.25
CUX1P39880 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC47.81■■■■■ 5.24
CUX1P39880 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC47.81■■■■■ 5.24
CUX1P39880 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.73■■■■■ 5.23
CUX1P39880 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC47.73■■■■■ 5.23
CUX1P39880 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.72■■■■■ 5.23
CUX1P39880 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC47.71■■■■■ 5.23
CUX1P39880 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC47.71■■■■■ 5.23
CUX1P39880 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC47.7■■■■■ 5.23
CUX1P39880 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC47.68■■■■■ 5.22
CUX1P39880 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC47.68■■■■■ 5.22
CUX1P39880 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.68■■■■■ 5.22
CUX1P39880 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC47.68■■■■■ 5.22
CUX1P39880 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC47.66■■■■■ 5.22
CUX1P39880 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC47.65■■■■■ 5.22
CUX1P39880 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC47.61■■■■■ 5.21
CUX1P39880 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC47.61■■■■■ 5.21
CUX1P39880 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC47.6■■■■■ 5.21
CUX1P39880 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC47.58■■■■■ 5.21
CUX1P39880 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC47.58■■■■■ 5.21
CUX1P39880 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC47.58■■■■■ 5.21
CUX1P39880 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.57■■■■■ 5.21
CUX1P39880 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC47.56■■■■■ 5.2
CUX1P39880 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.56■■■■■ 5.2
CUX1P39880 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC47.55■■■■■ 5.2
CUX1P39880 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC47.53■■■■■ 5.2
CUX1P39880 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.53■■■■■ 5.2
CUX1P39880 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.52■■■■■ 5.2
CUX1P39880 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC47.51■■■■■ 5.2
CUX1P39880 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC47.49■■■■■ 5.19
CUX1P39880 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC47.48■■■■■ 5.19
CUX1P39880 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC47.46■■■■■ 5.19
CUX1P39880 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC47.44■■■■■ 5.18
CUX1P39880 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC47.42■■■■■ 5.18
CUX1P39880 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC47.41■■■■■ 5.18
CUX1P39880 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC47.41■■■■■ 5.18
CUX1P39880 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC47.41■■■■■ 5.18
CUX1P39880 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.38■■■■■ 5.18
CUX1P39880 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC47.38■■■■■ 5.18
CUX1P39880 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC47.37■■■■■ 5.17
CUX1P39880 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.36■■■■■ 5.17
CUX1P39880 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC47.35■■■■■ 5.17
CUX1P39880 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC47.34■■■■■ 5.17
CUX1P39880 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC47.34■■■■■ 5.17
CUX1P39880 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.32■■■■■ 5.17
CUX1P39880 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.32■■■■■ 5.17
CUX1P39880 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC47.31■■■■■ 5.16
CUX1P39880 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC47.3■■■■■ 5.16
CUX1P39880 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC47.3■■■■■ 5.16
CUX1P39880 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.3■■■■■ 5.16
CUX1P39880 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.29■■■■■ 5.16
CUX1P39880 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.27■■■■■ 5.16
CUX1P39880 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC47.26■■■■■ 5.16
CUX1P39880 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC47.25■■■■■ 5.15
CUX1P39880 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC47.25■■■■■ 5.15
CUX1P39880 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC47.25■■■■■ 5.15
CUX1P39880 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC47.24■■■■■ 5.15
CUX1P39880 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC47.23■■■■■ 5.15
CUX1P39880 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC47.22■■■■■ 5.15
CUX1P39880 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC47.21■■■■■ 5.15
CUX1P39880 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.2■■■■■ 5.15
CUX1P39880 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC47.2■■■■■ 5.15
CUX1P39880 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC47.19■■■■■ 5.14
CUX1P39880 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.13■■■■■ 5.14
CUX1P39880 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC47.13■■■■■ 5.14
CUX1P39880 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC47.13■■■■■ 5.13
CUX1P39880 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC47.11■■■■■ 5.13
CUX1P39880 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC47.1■■■■■ 5.13
CUX1P39880 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC47.08■■■■■ 5.13
CUX1P39880 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47.06■■■■■ 5.12
CUX1P39880 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC47.04■■■■■ 5.12
CUX1P39880 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC47.02■■■■■ 5.12
CUX1P39880 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC47■■■■■ 5.12
CUX1P39880 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47■■■■■ 5.11
CUX1P39880 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47■■■■■ 5.11
CUX1P39880 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC46.98■■■■■ 5.11
CUX1P39880 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC46.98■■■■■ 5.11
CUX1P39880 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC46.98■■■■■ 5.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.8 ms