Protein–RNA interactions for Protein: P30531

SLC6A1, Sodium- and chloride-dependent GABA transporter 1, humanhuman

Predictions only

Length 599 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SLC6A1P30531 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SLC6A1P30531 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SLC6A1P30531 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SLC6A1P30531 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SLC6A1P30531 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SLC6A1P30531 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SLC6A1P30531 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SLC6A1P30531 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SLC6A1P30531 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SLC6A1P30531 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SLC6A1P30531 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SLC6A1P30531 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SLC6A1P30531 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SLC6A1P30531 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SLC6A1P30531 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SLC6A1P30531 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SLC6A1P30531 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SLC6A1P30531 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SLC6A1P30531 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SLC6A1P30531 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SLC6A1P30531 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SLC6A1P30531 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SLC6A1P30531 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SLC6A1P30531 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SLC6A1P30531 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.43
SLC6A1P30531 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SLC6A1P30531 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SLC6A1P30531 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SLC6A1P30531 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SLC6A1P30531 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SLC6A1P30531 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SLC6A1P30531 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SLC6A1P30531 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SLC6A1P30531 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SLC6A1P30531 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SLC6A1P30531 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SLC6A1P30531 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
SLC6A1P30531 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SLC6A1P30531 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SLC6A1P30531 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SLC6A1P30531 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SLC6A1P30531 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SLC6A1P30531 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SLC6A1P30531 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SLC6A1P30531 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SLC6A1P30531 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SLC6A1P30531 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SLC6A1P30531 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SLC6A1P30531 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SLC6A1P30531 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SLC6A1P30531 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SLC6A1P30531 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SLC6A1P30531 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SLC6A1P30531 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SLC6A1P30531 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SLC6A1P30531 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SLC6A1P30531 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
SLC6A1P30531 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
SLC6A1P30531 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SLC6A1P30531 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SLC6A1P30531 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SLC6A1P30531 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SLC6A1P30531 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SLC6A1P30531 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SLC6A1P30531 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SLC6A1P30531 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SLC6A1P30531 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SLC6A1P30531 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SLC6A1P30531 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SLC6A1P30531 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SLC6A1P30531 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SLC6A1P30531 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SLC6A1P30531 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SLC6A1P30531 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SLC6A1P30531 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SLC6A1P30531 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SLC6A1P30531 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SLC6A1P30531 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SLC6A1P30531 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SLC6A1P30531 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
SLC6A1P30531 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SLC6A1P30531 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SLC6A1P30531 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SLC6A1P30531 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SLC6A1P30531 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SLC6A1P30531 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SLC6A1P30531 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SLC6A1P30531 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SLC6A1P30531 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SLC6A1P30531 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SLC6A1P30531 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SLC6A1P30531 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SLC6A1P30531 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SLC6A1P30531 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SLC6A1P30531 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
SLC6A1P30531 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
SLC6A1P30531 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SLC6A1P30531 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SLC6A1P30531 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SLC6A1P30531 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.5 ms