Protein–RNA interactions for Protein: P22415

USF1, Upstream stimulatory factor 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF1P22415 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USF1P22415 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USF1P22415 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USF1P22415 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
USF1P22415 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USF1P22415 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USF1P22415 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USF1P22415 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USF1P22415 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USF1P22415 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
USF1P22415 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USF1P22415 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USF1P22415 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USF1P22415 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USF1P22415 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USF1P22415 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USF1P22415 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USF1P22415 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USF1P22415 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
USF1P22415 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USF1P22415 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
USF1P22415 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USF1P22415 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USF1P22415 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USF1P22415 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
USF1P22415 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
USF1P22415 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USF1P22415 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USF1P22415 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USF1P22415 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USF1P22415 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USF1P22415 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USF1P22415 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USF1P22415 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USF1P22415 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USF1P22415 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USF1P22415 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USF1P22415 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USF1P22415 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
USF1P22415 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USF1P22415 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USF1P22415 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USF1P22415 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USF1P22415 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USF1P22415 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USF1P22415 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USF1P22415 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USF1P22415 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USF1P22415 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USF1P22415 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USF1P22415 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USF1P22415 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USF1P22415 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USF1P22415 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USF1P22415 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
USF1P22415 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
USF1P22415 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
USF1P22415 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USF1P22415 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USF1P22415 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USF1P22415 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USF1P22415 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USF1P22415 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USF1P22415 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USF1P22415 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USF1P22415 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USF1P22415 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USF1P22415 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USF1P22415 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USF1P22415 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USF1P22415 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USF1P22415 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USF1P22415 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USF1P22415 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USF1P22415 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USF1P22415 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USF1P22415 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USF1P22415 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USF1P22415 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USF1P22415 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USF1P22415 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USF1P22415 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USF1P22415 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USF1P22415 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USF1P22415 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USF1P22415 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
USF1P22415 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USF1P22415 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USF1P22415 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USF1P22415 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
USF1P22415 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC23■■□□□ 1.27
USF1P22415 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USF1P22415 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
USF1P22415 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USF1P22415 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
USF1P22415 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USF1P22415 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USF1P22415 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USF1P22415 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
USF1P22415 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms