Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC30.79■■■□□ 2.52
COL6A3P12111 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC30.74■■■□□ 2.51
COL6A3P12111 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
COL6A3P12111 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
COL6A3P12111 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
COL6A3P12111 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
COL6A3P12111 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC30.7■■■□□ 2.51
COL6A3P12111 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
COL6A3P12111 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.68■■■□□ 2.5
COL6A3P12111 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.68■■■□□ 2.5
COL6A3P12111 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC30.68■■■□□ 2.5
COL6A3P12111 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC30.66■■■□□ 2.5
COL6A3P12111 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC30.65■■■□□ 2.5
COL6A3P12111 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
COL6A3P12111 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC30.63■■■□□ 2.49
COL6A3P12111 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC30.62■■■□□ 2.49
COL6A3P12111 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC30.61■■■□□ 2.49
COL6A3P12111 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC30.6■■■□□ 2.49
COL6A3P12111 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC30.6■■■□□ 2.49
COL6A3P12111 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC30.6■■■□□ 2.49
COL6A3P12111 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
COL6A3P12111 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC30.58■■■□□ 2.49
COL6A3P12111 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
COL6A3P12111 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
COL6A3P12111 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.56■■■□□ 2.48
COL6A3P12111 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
COL6A3P12111 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
COL6A3P12111 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC30.51■■■□□ 2.47
COL6A3P12111 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC30.5■■■□□ 2.47
COL6A3P12111 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.49■■■□□ 2.47
COL6A3P12111 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
COL6A3P12111 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.46■■■□□ 2.47
COL6A3P12111 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC30.46■■■□□ 2.47
COL6A3P12111 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC30.44■■■□□ 2.46
COL6A3P12111 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
COL6A3P12111 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
COL6A3P12111 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC30.41■■■□□ 2.46
COL6A3P12111 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC30.4■■■□□ 2.46
COL6A3P12111 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.39■■■□□ 2.46
COL6A3P12111 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
COL6A3P12111 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
COL6A3P12111 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC30.38■■■□□ 2.45
COL6A3P12111 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
COL6A3P12111 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC30.32■■■□□ 2.44
COL6A3P12111 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.3■■■□□ 2.44
COL6A3P12111 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC30.28■■■□□ 2.44
COL6A3P12111 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
COL6A3P12111 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC30.27■■■□□ 2.44
COL6A3P12111 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC30.27■■■□□ 2.44
COL6A3P12111 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC30.26■■■□□ 2.44
COL6A3P12111 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC30.26■■■□□ 2.43
COL6A3P12111 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC30.23■■■□□ 2.43
COL6A3P12111 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
COL6A3P12111 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC30.22■■■□□ 2.43
COL6A3P12111 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC30.2■■■□□ 2.42
COL6A3P12111 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.18■■■□□ 2.42
COL6A3P12111 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
COL6A3P12111 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
COL6A3P12111 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC30.18■■■□□ 2.42
COL6A3P12111 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.17■■■□□ 2.42
COL6A3P12111 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC30.17■■■□□ 2.42
COL6A3P12111 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC30.17■■■□□ 2.42
COL6A3P12111 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
COL6A3P12111 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
COL6A3P12111 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.14■■■□□ 2.42
COL6A3P12111 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
COL6A3P12111 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
COL6A3P12111 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC30.09■■■□□ 2.41
COL6A3P12111 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC30.08■■■□□ 2.41
COL6A3P12111 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
COL6A3P12111 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
COL6A3P12111 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC30.06■■■□□ 2.4
COL6A3P12111 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
COL6A3P12111 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
COL6A3P12111 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
COL6A3P12111 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC30.05■■■□□ 2.4
COL6A3P12111 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
COL6A3P12111 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
COL6A3P12111 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
COL6A3P12111 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.39
COL6A3P12111 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC30.01■■■□□ 2.39
COL6A3P12111 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
COL6A3P12111 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
COL6A3P12111 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
COL6A3P12111 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.38
COL6A3P12111 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
COL6A3P12111 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.38
COL6A3P12111 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC29.92■■■□□ 2.38
COL6A3P12111 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
COL6A3P12111 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC29.91■■■□□ 2.38
COL6A3P12111 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
COL6A3P12111 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
COL6A3P12111 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
COL6A3P12111 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
COL6A3P12111 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
COL6A3P12111 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
COL6A3P12111 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
COL6A3P12111 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC29.84■■■□□ 2.37
COL6A3P12111 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
COL6A3P12111 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.4 ms