Protein–RNA interactions for Protein: O00560

SDCBP, Syntenin-1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 298 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDCBPO00560 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SDCBPO00560 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
SDCBPO00560 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SDCBPO00560 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SDCBPO00560 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SDCBPO00560 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SDCBPO00560 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SDCBPO00560 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SDCBPO00560 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SDCBPO00560 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SDCBPO00560 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SDCBPO00560 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SDCBPO00560 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SDCBPO00560 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SDCBPO00560 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SDCBPO00560 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SDCBPO00560 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SDCBPO00560 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SDCBPO00560 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SDCBPO00560 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SDCBPO00560 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SDCBPO00560 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SDCBPO00560 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SDCBPO00560 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SDCBPO00560 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
SDCBPO00560 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SDCBPO00560 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SDCBPO00560 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SDCBPO00560 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SDCBPO00560 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SDCBPO00560 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SDCBPO00560 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SDCBPO00560 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SDCBPO00560 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SDCBPO00560 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SDCBPO00560 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SDCBPO00560 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SDCBPO00560 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SDCBPO00560 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SDCBPO00560 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SDCBPO00560 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SDCBPO00560 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
SDCBPO00560 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SDCBPO00560 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SDCBPO00560 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SDCBPO00560 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SDCBPO00560 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SDCBPO00560 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SDCBPO00560 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SDCBPO00560 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SDCBPO00560 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SDCBPO00560 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SDCBPO00560 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SDCBPO00560 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SDCBPO00560 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SDCBPO00560 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SDCBPO00560 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SDCBPO00560 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SDCBPO00560 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SDCBPO00560 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SDCBPO00560 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
SDCBPO00560 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SDCBPO00560 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SDCBPO00560 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SDCBPO00560 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SDCBPO00560 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SDCBPO00560 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SDCBPO00560 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SDCBPO00560 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SDCBPO00560 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SDCBPO00560 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SDCBPO00560 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
SDCBPO00560 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SDCBPO00560 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SDCBPO00560 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SDCBPO00560 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SDCBPO00560 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SDCBPO00560 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SDCBPO00560 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SDCBPO00560 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SDCBPO00560 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SDCBPO00560 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SDCBPO00560 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SDCBPO00560 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SDCBPO00560 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SDCBPO00560 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
SDCBPO00560 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SDCBPO00560 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SDCBPO00560 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SDCBPO00560 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SDCBPO00560 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SDCBPO00560 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SDCBPO00560 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC23■■□□□ 1.27
SDCBPO00560 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SDCBPO00560 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SDCBPO00560 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SDCBPO00560 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SDCBPO00560 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SDCBPO00560 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SDCBPO00560 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.2 ms