Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 C12orf73-201ENST00000378090 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 TBK1-201ENST00000331710 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CPN2-202ENST00000429275 2008 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 GPR84-202ENST00000551809 2041 ntAPPRIS P1 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 OCRL-201ENST00000357121 5138 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 HARS2-201ENST00000230771 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 PBX3-201ENST00000342287 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AC108002.1-201ENST00000520572 5684 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 L2HGDH-201ENST00000261699 1377 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 MAPRE2-201ENST00000300249 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 SPATS2-203ENST00000547865 1810 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 TRAF6-201ENST00000348124 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ANKRD26P3-201ENST00000454044 2748 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 SUGP2-203ENST00000452918 6176 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AC073957.3-201ENST00000609998 6758 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 GAS6-AS1-201ENST00000458001 7169 ntTSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 BCL10-201ENST00000370580 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CDH16-202ENST00000394055 2821 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 TSEN2-205ENST00000444864 2697 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 WSCD1-202ENST00000539421 2665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 NDUFC2-201ENST00000281031 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CFLAR-204ENST00000341582 2056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ZNF34-201ENST00000343459 1901 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ZNF34-202ENST00000429371 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 MAD2L1-201ENST00000296509 5468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 PROM2-201ENST00000317620 4728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF1A-202ENST00000366159 1339 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 BIN3-202ENST00000399977 1340 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 LAMA1-209ENST00000638611 1310 ntTSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP20-201ENST00000260283 6189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ST14-201ENST00000278742 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CCHCR1-201ENST00000376266 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 COMP-201ENST00000222271 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 SUSD6-201ENST00000342745 5388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 SYNGAP1-208ENST00000629380 9862 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 EDC3-201ENST00000315127 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AL022313.4-201ENST00000562756 2046 ntBASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 RUNX3-201ENST00000308873 3861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 SOAT1-204ENST00000540564 6861 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ANKRD36-204ENST00000461153 6102 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 RBBP8-201ENST00000327155 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 HDAC11-201ENST00000295757 2960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 OR2V1-201ENST00000329365 948 ntAPPRIS P1 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CMTM5-202ENST00000342473 725 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 IGLC1-201ENST00000390321 460 ntAPPRIS P1 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CMTM5-205ENST00000397227 818 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 GSTT2-201ENST00000402588 937 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 SF3B1-204ENST00000414963 651 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ACYP2-204ENST00000422521 1115 ntTSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 POLR2H-203ENST00000430783 1159 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AL663074.1-201ENST00000436642 299 ntTSL 3 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AL391415.1-201ENST00000439844 400 ntTSL 3 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 Metazoa_SRP.100-201ENST00000447610 282 ntBASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 FAHD2CP-203ENST00000467292 965 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 RN7SL23P-201ENST00000484055 275 ntBASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 RAMP3-203ENST00000496212 543 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AC026410.1-201ENST00000507366 1101 ntBASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 PALLD-215ENST00000512127 2958 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 KCNJ11-204ENST00000528731 2146 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 DNAJB13-203ENST00000537753 912 ntTSL 3 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 NAA40-205ENST00000539656 577 ntTSL 4 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AL512310.5-201ENST00000551999 515 ntBASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CMTM5-208ENST00000555731 831 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CMC2-204ENST00000562713 573 ntTSL 3 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CMC2-209ENST00000565108 399 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AC141586.1-203ENST00000567242 366 ntBASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AP005264.5-201ENST00000590066 467 ntBASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 FO393412.1-201ENST00000619841 382 ntBASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AC011471.3-201ENST00000623576 402 ntBASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 TREX1-206ENST00000629913 945 ntAPPRIS P1 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AL121956.4-201ENST00000629925 581 ntTSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 PTBP1-221ENST00000635647 3691 ntTSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 TMCO3-207ENST00000474393 2843 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AC009690.1-201ENST00000379915 4374 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ABI2-202ENST00000261017 6484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 UBE3A-226ENST00000637886 8725 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 PASK-204ENST00000405260 4942 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CACNA1G-225ENST00000512389 6837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 LLGL1-201ENST00000316843 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 SERPINB6-206ENST00000380546 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 SLC25A3-216ENST00000551917 1359 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 NBAT1-201ENST00000566912 1940 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 PAK3-208ENST00000446737 2550 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 PER3-201ENST00000361923 6203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 TAF1C-216ENST00000566732 2972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ZNF239-203ENST00000426961 2027 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 COX4I1-208ENST00000564903 1481 ntTSL 2 BASIC13.67□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ZNF654-204ENST00000636215 6446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.67□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 DNAJC14-201ENST00000317269 3330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 DOK1-202ENST00000340004 1722 ntTSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 LRRC8A-203ENST00000372600 4355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CTBP2P8-201ENST00000422584 1330 ntBASIC13.67□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ADI1-201ENST00000327435 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 SREBF1-205ENST00000395757 3696 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.67□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CHRNA1-204ENST00000409323 1585 ntTSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 SPG11-202ENST00000427534 6935 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CNP-202ENST00000393892 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 VIPAS39-208ENST00000556412 1832 ntTSL 2 BASIC13.67□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 SC5D-201ENST00000264027 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ZNF385A-205ENST00000546970 2494 ntTSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.9 ms