Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 CCT6P3-201ENST00000419314 3702 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 LDLRAD3-202ENST00000524419 1996 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 TBC1D3L-201ENST00000612727 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 PLXNB1-201ENST00000296440 7143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 CDK5RAP1-203ENST00000357886 2164 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 CTRB1-201ENST00000361017 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 NTMT1-202ENST00000372481 741 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 RN7SKP175-201ENST00000408472 289 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 RPUSD3-204ENST00000424438 1005 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 TMEM176B-202ENST00000429904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 AC004997.1-205ENST00000447976 1851 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 CD4-210ENST00000541982 1187 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 BCAS3-221ENST00000588874 2948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 AC099568.2-201ENST00000609194 695 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 AC073862.5-201ENST00000624129 2027 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 AC005252.2-201ENST00000624630 1141 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 AC024941.2-201ENST00000625763 493 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 AC025048.6-201ENST00000634326 1161 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 GFI1B-207ENST00000636137 1870 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 FAM53B-203ENST00000392754 3557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 ELN-211ENST00000414324 3139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 ACTN1-205ENST00000538545 2813 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 DLGAP1-203ENST00000400147 5258 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 DLGAP1-206ENST00000400155 5257 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 RFWD3-201ENST00000361070 4957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 GATC-203ENST00000551765 4244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 CDK12-201ENST00000430627 5918 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 CETP-201ENST00000200676 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 PLXNA1-201ENST00000393409 9066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 SEC31A-205ENST00000395310 4259 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 CELF2-216ENST00000637215 2724 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 ICAM2-201ENST00000412356 1334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 CD22-209ENST00000594250 2107 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 PCDHB17P-202ENST00000623466 3066 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 SMC6-201ENST00000351948 5173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 POLD1-205ENST00000595904 3402 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 NIPAL3-202ENST00000339255 1676 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 MAGED4-201ENST00000375626 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 AFDN-206ENST00000392112 7459 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 HNRNPA1P48-201ENST00000562726 1377 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 GOLGA8IP-201ENST00000340249 1899 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 CCT3-211ENST00000472765 1858 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 ITPR3-202ENST00000605930 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 AC000120.1-201ENST00000414227 1589 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 TRIM40-207ENST00000396581 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 CCDC18-203ENST00000401026 4552 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 PTPRVP-205ENST00000641549 5067 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 SMARCA4-204ENST00000444061 4938 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 ASCC3-203ENST00000369143 3433 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 TRPC7-202ENST00000378459 2406 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 ENDOV-207ENST00000518907 2418 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 C16orf62-215ENST00000542263 3138 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 KRT17P7-201ENST00000451704 1104 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 RN7SL692P-201ENST00000464677 288 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 AC011495.1-201ENST00000498085 584 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 IGHVIII-5-2-201ENST00000522505 261 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 AP005018.1-201ENST00000525475 301 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 RPL36-203ENST00000577222 874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 AC011497.1-201ENST00000596781 561 ntTSL 4 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 METTL26-214ENST00000614890 801 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 KISS1-202ENST00000625357 435 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 AC044839.1-204ENST00000634777 1058 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 PTPRK-204ENST00000368210 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 LIMS2-206ENST00000409754 1620 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 SMTN-203ENST00000358743 3198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 RRBP1-201ENST00000246043 4737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 TRIM35-201ENST00000305364 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 CDC20B-202ENST00000322374 1679 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 TNF-208ENST00000449264 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 PRKAB1-205ENST00000540121 1673 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 KRT17P5-202ENST00000444070 2552 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 CEMIP-203ENST00000394685 7357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 SHC1-202ENST00000368445 3472 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 MYO9B-204ENST00000594824 7595 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 PRDM16-201ENST00000270722 8690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 SPCS3-201ENST00000503362 4571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 USP22-206ENST00000537526 4976 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 CSNK1E-201ENST00000359867 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 PDGFRB-201ENST00000261799 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 ZMYND15-206ENST00000592813 2274 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 DPP8-204ENST00000358939 2822 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 CHRNA2-207ENST00000520933 2497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 TRIM3-203ENST00000525074 3044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 TECPR1-204ENST00000447648 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 CAPN5-201ENST00000278559 4397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 RAPGEF1-201ENST00000372189 6085 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 PID1-202ENST00000392054 2745 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 NFATC2-202ENST00000396009 7437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 FGGY-201ENST00000303721 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 RNF43-208ENST00000584437 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 NIN-206ENST00000453196 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 MADD-203ENST00000349238 5873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 NOX5-202ENST00000388866 2804 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 AC011450.1-202ENST00000358234 573 ntTSL 4 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 CUTA-202ENST00000374496 762 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 BUD31-202ENST00000403633 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC112Q8NEF3 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.9 ms