Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

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Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN3AQ9NY46 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC21.31■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC21.3■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC21.3■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC21.29■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
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