Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SKA1Q96BD8 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
SKA1Q96BD8 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SKA1Q96BD8 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.4 ms