Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 LINC02130-201ENST00000566054 518 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 TUBB4A-207ENST00000596926 548 ntTSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AL512324.3-201ENST00000619383 882 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AP003900.1-201ENST00000622592 859 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 Z82244.1-201ENST00000631502 840 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 DDC-212ENST00000615193 1674 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CUX1P39880 KRT36-202ENST00000393986 1707 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUX1P39880 FAM153C-201ENST00000398106 1510 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUX1P39880 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUX1P39880 BBS5-201ENST00000295240 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUX1P39880 SCARB1-202ENST00000339570 3329 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUX1P39880 ARRDC5-201ENST00000381781 1638 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUX1P39880 GLP2R-204ENST00000574745 1882 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUX1P39880 MAP3K10-201ENST00000253055 3436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUX1P39880 APEX1-201ENST00000216714 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AL162377.1-202ENST00000456688 1181 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUX1P39880 FAM86JP-202ENST00000484500 988 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
CUX1P39880 DIO3OS-211ENST00000557532 712 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUX1P39880 MDC1-209ENST00000613547 830 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUX1P39880 MCOLN3-201ENST00000341115 1762 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUX1P39880 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUX1P39880 FAM83A-AS1-202ENST00000520576 1347 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUX1P39880 SLC39A6-204ENST00000590986 3003 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUX1P39880 DDX46-212ENST00000628477 1584 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUX1P39880 PTGES3-207ENST00000614328 2077 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CUX1P39880 MEAF6-204ENST00000373075 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 MKRN7P-201ENST00000433469 1371 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 MCFD2-201ENST00000319466 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 STBD1-201ENST00000237642 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 ZNF256-201ENST00000282308 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 SIGLEC9-201ENST00000250360 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 GDF9-201ENST00000296875 1796 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 PRKAB1-201ENST00000229328 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 RAB35-201ENST00000229340 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 PDHX-201ENST00000227868 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 EDN3-201ENST00000311585 2655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 RANGRF-201ENST00000226105 1009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 C19orf33-201ENST00000301246 467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 ASS1P1-201ENST00000402854 1237 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 INMT-202ENST00000409539 803 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AC078882.1-201ENST00000436132 416 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 PDLIM2-212ENST00000443561 701 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 SRP9P1-201ENST00000445874 261 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 PGAP2-207ENST00000463452 931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 IGKV3-11-201ENST00000483158 392 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 TRAPPC4-212ENST00000533058 1209 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 DDX11L8-201ENST00000535849 366 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 LINC02376-201ENST00000536330 724 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 LINC00677-201ENST00000558224 486 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AC116025.1-201ENST00000575404 415 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AC011479.1-202ENST00000591889 528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 Metazoa_SRP.122-201ENST00000610476 285 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 MRPS31P4-202ENST00000613769 583 ntTSL 4 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 GTF3A-209ENST00000640289 1098 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 KIRREL3-202ENST00000525704 2474 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 DAP3-201ENST00000343043 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AL157832.2-205ENST00000597245 1649 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CUX1P39880 PPP2R5D-202ENST00000394110 2894 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 GRHL1-202ENST00000405379 1881 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 TRIM29-210ENST00000528870 2217 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 USP10-201ENST00000219473 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AC016397.2-201ENST00000624848 1985 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 RPL18AP15-201ENST00000430258 517 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 TULP3P1-202ENST00000453253 1291 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AC104115.1-201ENST00000484005 623 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AC097381.2-201ENST00000510640 859 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AAMDC-210ENST00000532481 690 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 CSRP2-207ENST00000552330 910 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AC007223.1-201ENST00000564076 572 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 BLVRB-202ENST00000595483 649 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 FAM90A28P-201ENST00000596881 489 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 TMEM230-211ENST00000615008 594 ntTSL 4 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 CAMKV-202ENST00000463537 2818 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 SULT1A2-202ENST00000395630 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 ZFHX4-AS1-201ENST00000518143 1711 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AL031590.1-202ENST00000641466 1737 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 CDKN1A-208ENST00000615513 2102 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 LTA-213ENST00000418386 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 WNT8A-202ENST00000398754 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 PINX1-201ENST00000314787 1545 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 CNBP-207ENST00000502976 1626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CUX1P39880 ARHGAP9-201ENST00000393791 2597 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUX1P39880 MTA2-201ENST00000278823 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUX1P39880 BICDL1-201ENST00000397558 3055 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUX1P39880 WDR20-205ENST00000424963 2695 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUX1P39880 SNX11-202ENST00000393405 2733 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUX1P39880 IQCF1-201ENST00000310914 695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUX1P39880 PMF1-201ENST00000368273 884 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AL954722.1-201ENST00000431238 259 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
CUX1P39880 C3orf84-203ENST00000545770 706 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AL157871.1-201ENST00000555428 429 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUX1P39880 IDH3A-213ENST00000559205 566 ntTSL 4 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUX1P39880 ACTBP9-201ENST00000587663 1099 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms