Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6N9

USH1C, Harmonin, humanhuman

Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USH1CQ9Y6N9 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
USH1CQ9Y6N9 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
USH1CQ9Y6N9 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.7 ms