Protein–RNA interactions for Protein: Q9C037

TRIM4, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM4, humanhuman

Predictions only

Length 500 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM4Q9C037 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
TRIM4Q9C037 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM4Q9C037 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.4 ms