Protein–RNA interactions for Protein: O43490

PROM1, Prominin-1, humanhuman

Predictions only

Length 865 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PROM1O43490 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
PROM1O43490 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
PROM1O43490 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
PROM1O43490 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
PROM1O43490 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
PROM1O43490 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC21.42■■□□□ 1.02
PROM1O43490 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
PROM1O43490 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
PROM1O43490 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
PROM1O43490 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
PROM1O43490 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
PROM1O43490 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
PROM1O43490 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC21.42■■□□□ 1.02
PROM1O43490 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
PROM1O43490 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
PROM1O43490 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
PROM1O43490 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
PROM1O43490 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
PROM1O43490 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
PROM1O43490 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
PROM1O43490 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
PROM1O43490 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
PROM1O43490 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
PROM1O43490 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
PROM1O43490 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
PROM1O43490 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
PROM1O43490 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
PROM1O43490 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
PROM1O43490 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
PROM1O43490 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
PROM1O43490 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
PROM1O43490 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
PROM1O43490 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
PROM1O43490 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
PROM1O43490 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
PROM1O43490 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
PROM1O43490 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
PROM1O43490 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
PROM1O43490 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
PROM1O43490 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
PROM1O43490 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
PROM1O43490 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
PROM1O43490 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
PROM1O43490 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
PROM1O43490 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
PROM1O43490 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
PROM1O43490 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
PROM1O43490 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
PROM1O43490 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
PROM1O43490 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
PROM1O43490 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
PROM1O43490 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
PROM1O43490 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
PROM1O43490 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
PROM1O43490 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
PROM1O43490 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
PROM1O43490 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
PROM1O43490 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
PROM1O43490 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
PROM1O43490 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
PROM1O43490 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
PROM1O43490 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
PROM1O43490 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
PROM1O43490 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
PROM1O43490 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
PROM1O43490 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
PROM1O43490 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
PROM1O43490 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
PROM1O43490 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
PROM1O43490 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
PROM1O43490 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
PROM1O43490 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
PROM1O43490 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
PROM1O43490 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
PROM1O43490 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
PROM1O43490 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
PROM1O43490 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
PROM1O43490 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
PROM1O43490 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
PROM1O43490 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
PROM1O43490 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
PROM1O43490 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
PROM1O43490 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
PROM1O43490 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
PROM1O43490 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
PROM1O43490 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
PROM1O43490 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC21.35■■□□□ 1.01
PROM1O43490 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
PROM1O43490 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
PROM1O43490 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
PROM1O43490 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
PROM1O43490 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
PROM1O43490 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
PROM1O43490 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
PROM1O43490 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
PROM1O43490 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
PROM1O43490 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
PROM1O43490 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
PROM1O43490 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
PROM1O43490 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms