Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 CACNA1A-211ENST00000592864 1623 ntTSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 PER1-201ENST00000317276 4707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 BCL11A-203ENST00000358510 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 STAT5A-211ENST00000590949 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 LIPE-AS1-204ENST00000594624 1448 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 UBA1-202ENST00000377269 2497 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 ATL2-210ENST00000452935 2199 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AL512625.1-201ENST00000305709 2541 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 GGT1-202ENST00000400380 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 ARHGEF28-211ENST00000512883 2936 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 RNPS1-216ENST00000565678 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 SLC4A3-202ENST00000317151 4069 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 PGAM2-201ENST00000297283 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 DERL3-202ENST00000318109 860 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 CUTA-203ENST00000374500 937 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 EVA1A-204ENST00000410071 777 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 LINC01022-201ENST00000415652 394 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AC006329.1-201ENST00000419422 705 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 GRAMD1A-203ENST00000424536 808 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 NUBP1-202ENST00000433392 1185 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 LINC01806-201ENST00000436506 765 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AP001062.3-202ENST00000444409 619 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 PRKCZ-AS1-202ENST00000444529 622 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 GS1-124K5.4-201ENST00000445681 540 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 MUTYH-231ENST00000488731 740 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 COQ10BP2-201ENST00000513804 724 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 PLA2G15-209ENST00000566188 1203 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AC020636.2-201ENST00000569170 1189 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AC137723.1-201ENST00000584705 709 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AL118522.1-201ENST00000611368 560 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 LINC01726-201ENST00000624692 1253 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 LINC00431-202ENST00000636375 159 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 LAMA1-209ENST00000638611 1310 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 ETV4-202ENST00000393664 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 TBRG4-215ENST00000494076 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 SLC34A2-202ENST00000503434 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 TTC29-208ENST00000513335 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 DSG1-202ENST00000462981 1857 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 PTBP1-203ENST00000356948 3598 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 PHB-210ENST00000511832 1509 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 ADRA2A-201ENST00000280155 3745 ntAPPRIS P1 BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 SLCO2B1-217ENST00000532236 2593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 LINC00552-201ENST00000625151 2579 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 CERK-201ENST00000216264 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 TOPAZ1-201ENST00000309765 5334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 HPSE2-206ENST00000628193 1760 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 NSMCE1-201ENST00000361439 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 TRBV4-1-201ENST00000390357 373 ntAPPRIS P1 BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 TRBV4-2-201ENST00000390392 455 ntAPPRIS P1 BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 RPL3P2-204ENST00000413027 1203 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AC073210.1-201ENST00000414799 232 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 GCSHP3-201ENST00000431120 391 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 APOPT1-209ENST00000492189 513 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 FANCA-204ENST00000534992 1088 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 ZNF124-206ENST00000543802 1292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 ACTN1-AS1-202ENST00000553961 599 ntTSL 4 BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AL356805.1-201ENST00000556383 341 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 MIA-206ENST00000597784 455 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AL049840.2-201ENST00000602722 535 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 FXYD3-204ENST00000603181 758 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AC012073.1-201ENST00000606114 1108 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 HNRNPA1-202ENST00000340913 1842 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 CCR7-203ENST00000579344 1874 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 BNC1-201ENST00000345382 4610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 ZNF324-201ENST00000196482 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 CRHR2-208ENST00000506074 3109 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 GRB2-201ENST00000316615 3181 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 ADAMTS13-206ENST00000371929 4934 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 ADGRA1-AS1-202ENST00000444433 2646 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 LINC00094-205ENST00000603928 5722 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 MPP2-214ENST00000523501 2121 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 CSDC2-201ENST00000306149 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 LIMK2-203ENST00000340552 2789 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 PPFIBP1-216ENST00000545334 2805 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 ADSL-201ENST00000216194 1620 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 HTR3A-205ENST00000504030 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 KYAT1-201ENST00000302586 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 PFKFB4-201ENST00000232375 3586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 BOLL-203ENST00000392296 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 TMCO3-207ENST00000474393 2843 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 VAV3-210ENST00000527011 4510 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 NTRK3-202ENST00000355254 2938 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 GTF3C6-201ENST00000329970 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 TPM3-211ENST00000368531 1115 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 TRBV7-3-201ENST00000390361 397 ntAPPRIS P1 BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 SMIM29-202ENST00000394990 792 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 CHCHD2-201ENST00000395422 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 MPP6-202ENST00000396475 3848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 OR2W2P-201ENST00000406313 909 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 GULP1-204ENST00000409637 1242 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 LINC00866-201ENST00000427379 418 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AC006450.3-201ENST00000453529 2146 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 SH3BGR-209ENST00000458295 812 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 FAM3D-AS1-201ENST00000464125 821 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AC091179.2-201ENST00000495536 532 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.5 ms