Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
ATG4BQ9Y4P1 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
ATG4BQ9Y4P1 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms