Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS28Q9UK41 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS28Q9UK41 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms