Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC26.64■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
SYNE3Q6ZMZ3 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC26.64■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC26.61■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
SYNE3Q6ZMZ3 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.56■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.56■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SYNE3Q6ZMZ3 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.2 ms