Protein–RNA interactions for Protein: Q6A163

KRT39, Keratin, type I cytoskeletal 39, humanhuman

Predictions only

Length 491 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KRT39Q6A163 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
KRT39Q6A163 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC24.46■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
KRT39Q6A163 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
KRT39Q6A163 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
KRT39Q6A163 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
KRT39Q6A163 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
KRT39Q6A163 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
KRT39Q6A163 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
KRT39Q6A163 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
KRT39Q6A163 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
KRT39Q6A163 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
KRT39Q6A163 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
KRT39Q6A163 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
KRT39Q6A163 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
KRT39Q6A163 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
KRT39Q6A163 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
KRT39Q6A163 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
KRT39Q6A163 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
KRT39Q6A163 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
KRT39Q6A163 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
KRT39Q6A163 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
KRT39Q6A163 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
KRT39Q6A163 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
KRT39Q6A163 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.4 ms