Protein–RNA interactions for Protein: P31431

SDC4, Syndecan-4, humanhuman

Predictions only

Length 198 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC4P31431 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SDC4P31431 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SDC4P31431 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SDC4P31431 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SDC4P31431 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SDC4P31431 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SDC4P31431 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SDC4P31431 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SDC4P31431 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SDC4P31431 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SDC4P31431 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SDC4P31431 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SDC4P31431 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC4P31431 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC4P31431 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC4P31431 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC4P31431 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC4P31431 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC4P31431 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC4P31431 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC4P31431 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC4P31431 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SDC4P31431 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SDC4P31431 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SDC4P31431 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SDC4P31431 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
SDC4P31431 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
SDC4P31431 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SDC4P31431 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SDC4P31431 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SDC4P31431 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SDC4P31431 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SDC4P31431 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SDC4P31431 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SDC4P31431 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SDC4P31431 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SDC4P31431 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SDC4P31431 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SDC4P31431 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SDC4P31431 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SDC4P31431 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SDC4P31431 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
SDC4P31431 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.39
SDC4P31431 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SDC4P31431 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SDC4P31431 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SDC4P31431 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SDC4P31431 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SDC4P31431 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SDC4P31431 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SDC4P31431 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SDC4P31431 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SDC4P31431 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SDC4P31431 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
SDC4P31431 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SDC4P31431 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SDC4P31431 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SDC4P31431 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SDC4P31431 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SDC4P31431 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC4P31431 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC4P31431 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC4P31431 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC4P31431 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC4P31431 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC4P31431 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC4P31431 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC4P31431 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC4P31431 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC4P31431 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC4P31431 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC4P31431 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC4P31431 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC4P31431 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC4P31431 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SDC4P31431 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SDC4P31431 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SDC4P31431 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SDC4P31431 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SDC4P31431 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SDC4P31431 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SDC4P31431 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SDC4P31431 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SDC4P31431 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SDC4P31431 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SDC4P31431 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SDC4P31431 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SDC4P31431 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SDC4P31431 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SDC4P31431 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SDC4P31431 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SDC4P31431 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SDC4P31431 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SDC4P31431 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SDC4P31431 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SDC4P31431 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SDC4P31431 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SDC4P31431 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
SDC4P31431 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SDC4P31431 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms