Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 TP53AIP1-204ENST00000530777 363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 RTN3P1-201ENST00000536295 711 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 GGCT-201ENST00000005374 1032 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 SNRPD2-206ENST00000588301 702 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 AC005901.1-201ENST00000592766 552 ntTSL 4 BASIC17.04■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 NDUFB5-216ENST00000611971 951 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 OXTR-201ENST00000316793 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 TSEN2-205ENST00000444864 2697 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 ZBTB7C-213ENST00000588982 4949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 SUOX-204ENST00000394115 2394 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 ARNT2-209ENST00000622346 2932 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 GLUL-203ENST00000339526 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 USP36-201ENST00000312010 5234 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 HOXC12-201ENST00000243103 3335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 TARS2-203ENST00000369054 1998 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 FGD2-201ENST00000274963 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 PPM1F-201ENST00000263212 5143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 FBLN2-203ENST00000404922 4318 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 AIFM1-209ENST00000535724 2468 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 KIAA2026-201ENST00000381461 6884 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 USP35-204ENST00000530267 2419 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 F2RL1-201ENST00000296677 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 ATP5F1-202ENST00000369722 3156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 PDE3B-202ENST00000455098 3665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 TELO2-201ENST00000262319 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 WDR25-204ENST00000554175 2055 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 ZEB2-225ENST00000558170 4012 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 EFHC1-212ENST00000635984 3293 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 PAK1-201ENST00000278568 2543 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 PIK3IP1-201ENST00000215912 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 PRF1-201ENST00000373209 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 EDF1-202ENST00000371648 809 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 PRTFDC1-202ENST00000376376 741 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 KRTAP2-4-201ENST00000394015 764 ntAPPRIS P1 BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 AL645608.5-201ENST00000398216 443 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 AC073316.1-202ENST00000402115 988 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 AL354893.2-201ENST00000423075 529 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 TMEM243-202ENST00000423734 601 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 APOL3-207ENST00000424878 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 LY6G6C-202ENST00000495859 937 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 AC008406.1-201ENST00000509530 541 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 AC104561.3-201ENST00000518590 715 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 MSC-AS1-204ENST00000518916 864 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 AC124301.1-201ENST00000524885 602 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 HCG18-245ENST00000602550 559 ntTSL 4 BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 MEG3_2.1-201ENST00000611456 105 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 AC133540.1-201ENST00000620845 1019 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 ZCCHC17-204ENST00000546109 1705 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 SRRT-217ENST00000618411 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 AC018629.1-201ENST00000623381 1736 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 CPEB2-205ENST00000442003 6797 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 RPH3AL-202ENST00000331302 2606 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 NAA60-203ENST00000414063 2619 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 SHC1-204ENST00000368450 3059 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 SHC1-205ENST00000368453 3062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 UBE2D4-201ENST00000222402 3974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 NFYC-215ENST00000456393 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 STAG3L2-201ENST00000426587 2130 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 TUSC3-201ENST00000382020 3683 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 AC139712.1-201ENST00000378256 1875 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 PDPK1-201ENST00000268673 4728 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 CNTNAP2-225ENST00000639247 2064 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 FAM214B-202ENST00000378557 3070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 KCNMA1-202ENST00000286628 6233 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 SCYL1-201ENST00000270176 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 ATP2B3-202ENST00000349466 4280 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 MX1-218ENST00000619682 1980 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 DLGAP1-213ENST00000534970 2365 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 MXD1-206ENST00000540449 5580 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 MEGF11-203ENST00000409699 6163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 AC068946.1-202ENST00000318673 2745 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 ZNF664-204ENST00000538932 4321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 CYTH3-201ENST00000350796 4505 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 CYTH3-202ENST00000396741 4508 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 CDK5RAP3-201ENST00000338399 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 TNF-208ENST00000449264 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 TMEM230-201ENST00000202834 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 OR1J1-201ENST00000259357 969 ntAPPRIS P1 BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 UBE4B-203ENST00000377153 1273 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 KRT18P36-201ENST00000411618 1276 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 AP1B1P1-201ENST00000432373 827 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 FKBP11-202ENST00000444214 630 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 AC108142.1-201ENST00000505389 286 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 AC016044.1-201ENST00000560818 572 ntTSL 4 BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 ANKRD11-208ENST00000563291 593 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 NAT9-211ENST00000580632 799 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 CENPX-208ENST00000584347 799 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 AC011498.6-201ENST00000592034 510 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 AC012044.1-201ENST00000603431 297 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 AL353770.1-201ENST00000614915 403 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 APBA1-201ENST00000265381 6534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 DCUN1D2-201ENST00000332592 2626 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 PYGM-202ENST00000377432 2611 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 SAFB2-201ENST00000252542 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
NUP88Q99567 SLC2A13-201ENST00000280871 7003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 MYLK2-202ENST00000375994 2956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 AKAP7-204ENST00000431975 2954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 RDX-218ENST00000544551 4117 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 ZBTB17-201ENST00000375733 2770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
NUP88Q99567 HHEX-202ENST00000472590 1605 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.3 ms