Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 GCN1-209ENST00000551920 558 ntTSL 315□□□□□ -0.013e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 COG1-201ENST00000299886 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.028e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SPG11-202ENST00000427534 6935 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.023e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 NPHP3-ACAD11-201ENST00000471702 7784 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.023e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 LETMD1-235ENST00000552739 1713 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.031e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 GAA-205ENST00000572080 723 ntTSL 314.86□□□□□ -0.033e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SPHK2-209ENST00000599033 618 ntTSL 314.85□□□□□ -0.033e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 PLEKHB2-206ENST00000409612 2210 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.8□□□□□ -0.045e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 LETMD1-218ENST00000549340 818 ntTSL 514.71□□□□□ -0.051e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 NUDT4-207ENST00000550056 531 ntTSL 414.71□□□□□ -0.053e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 LETMD1-212ENST00000547877 2020 ntTSL 514.71□□□□□ -0.051e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 PLEKHB2-202ENST00000403716 4349 ntTSL 3 BASIC14.69□□□□□ -0.065e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.063e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 TRMT11-201ENST00000334379 1565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.071e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SLC29A1-201ENST00000371708 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.083e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 PLEKHB2-207ENST00000438882 1460 ntTSL 2 BASIC14.45□□□□□ -0.15e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 RANBP3-206ENST00000586344 2554 ntTSL 214.45□□□□□ -0.13e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 LETMD1-202ENST00000380135 1566 ntTSL 314.43□□□□□ -0.11e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SPG11-203ENST00000535302 7288 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.42□□□□□ -0.13e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SPHK2-204ENST00000593308 713 ntTSL 314.42□□□□□ -0.13e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 LETMD1-206ENST00000547008 1665 ntTSL 2 BASIC14.3□□□□□ -0.121e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SRP72-205ENST00000510663 2473 ntTSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.123e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SPHK2-208ENST00000599029 3085 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.153e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 GAA-206ENST00000572803 575 ntTSL 214.04□□□□□ -0.163e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 FLOT1-204ENST00000418160 457 ntTSL 313.96□□□□□ -0.173e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 AKR1A1-209ENST00000481885 516 ntTSL 313.94□□□□□ -0.185e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 RBM4-201ENST00000310092 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.195e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 CARM1-204ENST00000586298 674 ntTSL 513.87□□□□□ -0.193e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SLC35B2-206ENST00000615337 2014 ntTSL 4 BASIC13.85□□□□□ -0.191e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 LETMD1-229ENST00000551261 521 ntTSL 513.78□□□□□ -0.21e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 AL391244.1-204ENST00000576232 585 ntTSL 313.78□□□□□ -0.23e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SLC29A1-210ENST00000472176 1225 ntTSL 513.67□□□□□ -0.223e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 COG1-202ENST00000438720 4051 ntTSL 1 (best)13.65□□□□□ -0.228e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SPG11-201ENST00000261866 7774 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.233e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 RBM4-205ENST00000409406 2321 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.235e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SMOC1-202ENST00000381280 3666 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.243e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 CKS1B-202ENST00000368436 820 ntTSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.253e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 BAG6-258ENST00000464126 609 ntTSL 213.3□□□□□ -0.283e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 TMEM14C-203ENST00000467415 899 ntTSL 313.24□□□□□ -0.293e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 EPS8L3-205ENST00000475725 468 ntTSL 213.18□□□□□ -0.33e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 PRMT2-216ENST00000621201 1301 ntTSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.323e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 ACSL4-212ENST00000514500 696 ntTSL 513□□□□□ -0.335e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 TMEM14C-205ENST00000541412 1177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.99□□□□□ -0.333e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 FLOT1-209ENST00000476729 562 ntTSL 212.97□□□□□ -0.333e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 COG1-210ENST00000618996 3369 ntTSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.348e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SEPT9-233ENST00000590917 541 ntTSL 4 BASIC12.9□□□□□ -0.341e-13■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 PLEKHB2-208ENST00000439822 4177 ntTSL 3 BASIC12.88□□□□□ -0.355e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 PRMT2-212ENST00000482508 1478 ntTSL 1 (best)12.86□□□□□ -0.353e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 PLEKHH3-206ENST00000591476 659 ntTSL 212.79□□□□□ -0.368e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 TMEM14C-201ENST00000229563 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.373e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 RBM4-209ENST00000515838 943 ntTSL 212.7□□□□□ -0.385e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 TMEM14C-202ENST00000466421 472 ntTSL 212.57□□□□□ -0.43e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 WBP1-212ENST00000490120 919 ntTSL 212.45□□□□□ -0.423e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SRP72-201ENST00000342756 3983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.43□□□□□ -0.423e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 GAA-203ENST00000570716 534 ntTSL 212.32□□□□□ -0.443e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 TAPBP-241ENST00000489157 1299 ntTSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.453e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 FLOT1-205ENST00000438162 888 ntTSL 512.26□□□□□ -0.453e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 FLOT1-207ENST00000454845 629 ntTSL 312.26□□□□□ -0.453e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 ACAD11-201ENST00000264990 4142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.2□□□□□ -0.463e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 PLEKHB2-211ENST00000628582 1297 ntTSL 2 BASIC12.19□□□□□ -0.465e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 UBAP2L-204ENST00000368504 1120 ntTSL 512.18□□□□□ -0.461e-13■□□□□ 9.9
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SF3A3Q12874 DNPEP-214ENST00000490371 555 ntTSL 512.14□□□□□ -0.473e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 PRMT2-209ENST00000455177 581 ntTSL 312.07□□□□□ -0.483e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 BABAM1-204ENST00000594247 1004 ntTSL 512.05□□□□□ -0.483e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 AKR1A1-203ENST00000434299 840 ntTSL 212.04□□□□□ -0.485e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 PRMT2-205ENST00000397637 2880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.98□□□□□ -0.493e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 LASP1-208ENST00000584106 1167 ntTSL 211.91□□□□□ -0.51e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 LETMD1-223ENST00000550442 469 ntTSL 411.85□□□□□ -0.511e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 ACAD11-205ENST00000485198 2940 ntTSL 1 (best)11.77□□□□□ -0.533e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 EPS8L3-208ENST00000489465 351 ntTSL 311.76□□□□□ -0.533e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SAFB2-210ENST00000591310 722 ntTSL 311.75□□□□□ -0.535e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 RBM4-202ENST00000396053 1337 ntTSL 2 BASIC11.61□□□□□ -0.555e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 ACAD11-202ENST00000469042 3276 ntTSL 211.58□□□□□ -0.563e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SPG11-217ENST00000559511 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 211.57□□□□□ -0.563e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SH2B1-211ENST00000566209 533 ntTSL 411.57□□□□□ -0.561e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 TMC6-217ENST00000590934 386 ntTSL 511.55□□□□□ -0.565e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 COQ9-212ENST00000567480 562 ntTSL 411.47□□□□□ -0.573e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 AL391244.1-205ENST00000570344 515 ntTSL 411.32□□□□□ -0.63e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 KMT2D-205ENST00000549799 530 ntTSL 311.22□□□□□ -0.613e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 RBM4-211ENST00000530235 1011 ntTSL 3 BASIC11.16□□□□□ -0.625e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 PLEKHB2-201ENST00000234115 4208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.635e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 ARRDC1-206ENST00000468983 386 ntTSL 410.98□□□□□ -0.653e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 RBM4-203ENST00000398692 921 ntTSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.665e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 RBM4-207ENST00000506523 654 ntTSL 3 BASIC10.94□□□□□ -0.665e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 NUDT4-203ENST00000546925 569 ntTSL 410.94□□□□□ -0.663e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 BAG6-249ENST00000441793 783 ntTSL 210.85□□□□□ -0.673e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 LETMD1-213ENST00000548209 568 ntTSL 410.71□□□□□ -0.691e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SNHG3-202ENST00000437681 2614 ntTSL 2 BASIC10.68□□□□□ -0.71e-13■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 FLOT1-206ENST00000445853 792 ntTSL 1 (best)10.67□□□□□ -0.73e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 RBM5-207ENST00000438369 560 ntTSL 410.61□□□□□ -0.715e-7■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 TMEM14C-204ENST00000495549 479 ntTSL 210.6□□□□□ -0.713e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 COQ9-202ENST00000562426 976 ntTSL 210.58□□□□□ -0.723e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 CARM1-210ENST00000592516 696 ntTSL 310.58□□□□□ -0.723e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 LETMD1-221ENST00000550100 1480 ntTSL 210.5□□□□□ -0.731e-8■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 FLOT1-203ENST00000416018 592 ntTSL 310.45□□□□□ -0.743e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SMOC1-203ENST00000553839 551 ntTSL 510.45□□□□□ -0.743e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SPG11-219ENST00000559822 561 ntTSL 510.45□□□□□ -0.743e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 WBP1-213ENST00000492047 409 ntTSL 310.43□□□□□ -0.743e-6■□□□□ 9.9
SF3A3Q12874 SRRM2-224ENST00000575870 696 ntTSL 310.38□□□□□ -0.755e-16■□□□□ 9.9
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