Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
CCDC87Q9NVE4 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CCDC87Q9NVE4 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.7 ms