Protein–RNA interactions for Protein: P55072

VCP, Transitional endoplasmic reticulum ATPase, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 806 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCPP55072 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VCPP55072 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VCPP55072 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VCPP55072 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
VCPP55072 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VCPP55072 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VCPP55072 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VCPP55072 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VCPP55072 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VCPP55072 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
VCPP55072 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VCPP55072 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
VCPP55072 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VCPP55072 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VCPP55072 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VCPP55072 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VCPP55072 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VCPP55072 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VCPP55072 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VCPP55072 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VCPP55072 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VCPP55072 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VCPP55072 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VCPP55072 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VCPP55072 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VCPP55072 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VCPP55072 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VCPP55072 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VCPP55072 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VCPP55072 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
VCPP55072 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VCPP55072 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VCPP55072 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VCPP55072 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VCPP55072 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VCPP55072 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VCPP55072 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VCPP55072 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VCPP55072 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VCPP55072 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VCPP55072 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VCPP55072 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VCPP55072 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VCPP55072 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VCPP55072 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VCPP55072 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VCPP55072 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VCPP55072 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VCPP55072 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VCPP55072 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VCPP55072 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VCPP55072 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
VCPP55072 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
VCPP55072 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VCPP55072 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
VCPP55072 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
VCPP55072 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VCPP55072 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VCPP55072 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VCPP55072 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VCPP55072 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VCPP55072 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VCPP55072 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VCPP55072 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VCPP55072 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VCPP55072 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VCPP55072 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VCPP55072 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
VCPP55072 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VCPP55072 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPP55072 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPP55072 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPP55072 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPP55072 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPP55072 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPP55072 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPP55072 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPP55072 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPP55072 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VCPP55072 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPP55072 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPP55072 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPP55072 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPP55072 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPP55072 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPP55072 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPP55072 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPP55072 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPP55072 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPP55072 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPP55072 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPP55072 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPP55072 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VCPP55072 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VCPP55072 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VCPP55072 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VCPP55072 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VCPP55072 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VCPP55072 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VCPP55072 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms