Protein–RNA interactions for Protein: P49754

VPS41, Vacuolar protein sorting-associated protein 41 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 854 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS41P49754 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS41P49754 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS41P49754 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS41P49754 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS41P49754 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS41P49754 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS41P49754 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS41P49754 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS41P49754 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS41P49754 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS41P49754 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS41P49754 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS41P49754 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS41P49754 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS41P49754 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS41P49754 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS41P49754 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS41P49754 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS41P49754 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS41P49754 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS41P49754 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS41P49754 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS41P49754 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS41P49754 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS41P49754 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS41P49754 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS41P49754 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS41P49754 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS41P49754 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS41P49754 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS41P49754 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS41P49754 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS41P49754 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS41P49754 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS41P49754 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS41P49754 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS41P49754 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS41P49754 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS41P49754 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS41P49754 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS41P49754 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS41P49754 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS41P49754 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS41P49754 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS41P49754 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS41P49754 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS41P49754 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS41P49754 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS41P49754 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS41P49754 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS41P49754 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS41P49754 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS41P49754 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS41P49754 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS41P49754 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS41P49754 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS41P49754 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS41P49754 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
VPS41P49754 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS41P49754 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS41P49754 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS41P49754 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS41P49754 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS41P49754 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS41P49754 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS41P49754 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS41P49754 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS41P49754 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS41P49754 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS41P49754 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS41P49754 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS41P49754 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS41P49754 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS41P49754 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS41P49754 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS41P49754 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS41P49754 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS41P49754 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS41P49754 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS41P49754 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS41P49754 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS41P49754 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS41P49754 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS41P49754 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS41P49754 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS41P49754 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS41P49754 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS41P49754 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS41P49754 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS41P49754 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS41P49754 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS41P49754 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS41P49754 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS41P49754 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS41P49754 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS41P49754 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS41P49754 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS41P49754 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS41P49754 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS41P49754 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.7 ms