Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 CLPTM1-202ENST00000541297 2732 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 MTRF1L-201ENST00000367230 3431 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 PEX11B-201ENST00000369306 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 MAGEA4-205ENST00000393920 1721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 GINS3-203ENST00000426538 1728 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 FGF7P3-202ENST00000640245 1707 ntTSL 4 BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 PTOV1-214ENST00000600603 1443 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 GUCD1-206ENST00000435822 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 ZFR2-201ENST00000262961 4756 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AC003102.2-201ENST00000589195 1469 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 MSTO1-202ENST00000368341 2245 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 ATP6AP2-213ENST00000636251 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 LINC00937-207ENST00000544461 3033 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 TMEM40-204ENST00000435218 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 FDFT1-224ENST00000618539 2660 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 ADAMTSL1-207ENST00000380566 2321 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 LMNA-201ENST00000347559 3137 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 CERS3-202ENST00000394113 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AC097376.2-205ENST00000610159 5334 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 LDHAL6B-201ENST00000307144 1693 ntAPPRIS P1 BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 SLC22A7-203ENST00000372589 2549 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 ANO1-201ENST00000316296 2118 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 C1orf159-201ENST00000379319 1097 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 PLD3-204ENST00000409281 2115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 DEF8-202ENST00000418391 852 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 LGALS3BP-202ENST00000585407 936 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AC009955.4-201ENST00000597192 544 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 ZNFX1-AS1_1.1-201ENST00000615787 198 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AL162426.1-201ENST00000624141 743 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 IGHA2-202ENST00000497872 1320 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 SALL3-205ENST00000575389 3996 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 ZBTB7C-204ENST00000586438 4899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 CDH24-202ENST00000397359 3552 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 SHROOM1-201ENST00000319854 3190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AL009178.2-201ENST00000597278 2719 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AC010547.4-201ENST00000561754 1378 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 NCK2-203ENST00000393349 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 LINC01667-202ENST00000623919 1422 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AC005885.1-204ENST00000637885 2885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 BRF1-211ENST00000547530 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 GSN-215ENST00000545652 2428 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 ABHD18-206ENST00000611882 1493 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 CBLN4-201ENST00000064571 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 TRAK1-208ENST00000484786 2008 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 GPM6A-210ENST00000506894 2614 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 DIP2A-201ENST00000400274 7023 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AC007326.2-201ENST00000624224 7579 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 SHC1P1-201ENST00000425230 1745 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 LHFPL2-207ENST00000515007 4680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 TMBIM1-201ENST00000258412 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 PARN-202ENST00000420015 2360 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 GSPT1-202ENST00000434724 7105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 ABCB8-221ENST00000498578 2350 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AL390038.1-201ENST00000419814 2481 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AL359258.1-201ENST00000438965 2481 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 NTRK2-202ENST00000304053 8226 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 FGF14-202ENST00000376143 744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 SLC25A24P2-201ENST00000415059 510 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AL162742.1-201ENST00000434792 954 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 EIF4HP1-201ENST00000453115 687 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 CD63-214ENST00000552692 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 C15orf40-211ENST00000565712 559 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AL137026.1-201ENST00000624407 503 ntTSL 4 BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AC022400.6-201ENST00000603027 5818 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 CTTN-202ENST00000346329 3272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 UHRF1BP1-202ENST00000452449 4706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 KRT8P29-201ENST00000420409 1371 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 ZNF815P-201ENST00000421890 1352 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 IGFBP5-201ENST00000233813 6215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 SYNE3-203ENST00000554873 2826 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 BUD13-201ENST00000260210 2196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 MPC2-202ENST00000367846 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 ZNF7-202ENST00000446747 2242 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 SYBU-208ENST00000440310 3072 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 RAF1-205ENST00000442415 3085 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 FAM84A-201ENST00000295092 6355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 KRT85-201ENST00000257901 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 FAM45BP-202ENST00000592932 1624 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 NEDD4L-202ENST00000356462 3335 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 PPOX-201ENST00000352210 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 ELMO3-202ENST00000393997 2531 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 ALDH3B2-201ENST00000349015 2649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 TRPC6-203ENST00000360497 2631 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 SLC52A3-201ENST00000217254 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 PHLDB1-223ENST00000600882 5479 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 USP19-203ENST00000398892 4622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 ASCC3-207ENST00000522650 2828 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 PATZ1-202ENST00000266269 3781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 PCDHGB8P-201ENST00000502926 1973 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 CRHR2-208ENST00000506074 3109 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 SLC25A38-201ENST00000273158 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AL354714.1-201ENST00000356006 2136 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 PACSIN2-204ENST00000403744 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 ZNF586-203ENST00000396154 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 STAT5A-211ENST00000590949 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 GOPC-203ENST00000535237 4460 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 AC013726.1-201ENST00000563747 2285 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 SDCCAG3P2-201ENST00000326105 1023 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
NUP88Q99567 NCR3-201ENST00000340027 1042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.5 ms