Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC18.06■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
RPUSD4Q96CM3 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.6 ms