Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SCN1BQ07699 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.9 ms