Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
SNHG28P0DPA3 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC26.62■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SNHG28P0DPA3 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC26.54■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC26.54■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.84
SNHG28P0DPA3 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SNHG28P0DPA3 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SNHG28P0DPA3 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SNHG28P0DPA3 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SNHG28P0DPA3 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SNHG28P0DPA3 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SNHG28P0DPA3 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SNHG28P0DPA3 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SNHG28P0DPA3 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
SNHG28P0DPA3 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
SNHG28P0DPA3 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
SNHG28P0DPA3 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
SNHG28P0DPA3 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
SNHG28P0DPA3 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC26.5■■□□□ 1.83
SNHG28P0DPA3 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.1 ms