Protein–RNA interactions for Protein: Q9C037

TRIM4, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM4, humanhuman

Predictions only

Length 500 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM4Q9C037 USP40-208ENST00000450966 5616 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 VTI1B-204ENST00000554659 5351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 SLC18A1-203ENST00000381608 1419 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 ATP13A2-202ENST00000341676 3681 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 MYLK3-202ENST00000536476 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 ROBO4-201ENST00000306534 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 XRCC3-211ENST00000555055 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 SLFNL1-204ENST00000372613 2654 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 PRM2-201ENST00000241808 680 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 BEX3-203ENST00000372635 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 LINC00398-201ENST00000414407 906 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 PRM2-202ENST00000435245 723 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 KRT223P-202ENST00000449164 1292 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 AC009477.1-201ENST00000452936 217 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 RHOXF1P1-201ENST00000454625 772 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 HOXB3-204ENST00000465120 943 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 AC061975.2-201ENST00000581722 295 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 AC008770.3-202ENST00000591944 567 ntTSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 AC005253.2-201ENST00000593791 432 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 AC018529.1-201ENST00000613063 361 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 AC133552.6-201ENST00000613406 534 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 MIR6787-201ENST00000616675 61 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 AL391650.2-201ENST00000640097 941 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 PBXIP1-202ENST00000368463 3212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 DRG1-201ENST00000331457 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 RNF32-204ENST00000392743 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 ABCG2-201ENST00000237612 4479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 KRT8P44-201ENST00000441609 1350 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 ARHGAP45-206ENST00000586866 4120 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 PAPD7-207ENST00000631941 1902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 TMEM104-201ENST00000335464 4745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 LMNA-213ENST00000473598 2015 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 NUBPL-201ENST00000281081 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 UMODL1-AS1-201ENST00000329015 2141 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 PLD3-204ENST00000409281 2115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 NEFH-201ENST00000310624 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 AC012507.2-203ENST00000415628 1765 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 PRSS8-201ENST00000317508 1872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 NEFL-203ENST00000619417 1879 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 SLC29A1-201ENST00000371708 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 DHX40-202ENST00000425628 2255 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 APLP1-202ENST00000537454 2266 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 ANKHD1-203ENST00000360839 8221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 RGS12-202ENST00000338806 3010 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 TACR2-203ENST00000619173 1713 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 SGK2-201ENST00000341458 2498 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 GRID2IP-203ENST00000457091 3636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 MLPH-203ENST00000409373 2031 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 PGBD2-201ENST00000329291 2136 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 AC073349.1-201ENST00000340779 1062 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 SPECC1-202ENST00000395522 2982 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 RPL28-204ENST00000431533 590 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 EHF-205ENST00000527935 557 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 SLC38A7-207ENST00000564391 731 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 AC040162.1-202ENST00000573493 573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 LGALS9C-215ENST00000584941 1104 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 HIST1H3I-201ENST00000616365 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 AC254562.3-201ENST00000626627 631 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 COL17A1-201ENST00000353479 5734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 RIMS1-214ENST00000518273 4116 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 RNF183-206ENST00000478815 2312 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 RASGEF1A-202ENST00000374459 3264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 MAP3K4-204ENST00000392142 5490 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 VARS2-211ENST00000541562 3566 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 FAM156A-221ENST00000622447 3757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 WARS2-202ENST00000369426 2811 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 TRPV6-201ENST00000359396 2928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 TRPV4-202ENST00000418703 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 SLC25A29-208ENST00000554912 5169 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 MAPKAPK5-206ENST00000550735 11349 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 PIP4K2C-207ENST00000550465 1532 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 MSL2-201ENST00000309993 4692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 PMM2-201ENST00000268261 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 COL25A1-203ENST00000399132 2724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
TRIM4Q9C037 EGR2-202ENST00000411732 2824 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44 ms