Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 ZBTB7C-201ENST00000535628 4818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 CSRP1-201ENST00000340006 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 KCTD6-202ENST00000404589 1533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 ARHGAP26-202ENST00000378004 9200 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 FGD4-203ENST00000472289 1629 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 GIGYF1-201ENST00000275732 6530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 SCP2-204ENST00000407246 2239 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 METTL17-201ENST00000339374 1749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 PCCB-204ENST00000462637 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 PRAG1-202ENST00000622241 4639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 ZMYND10-202ENST00000360165 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AAMP-201ENST00000248450 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 GATAD2A-202ENST00000360315 5671 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 TMSB15A-201ENST00000289373 685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 SUMO4-201ENST00000326669 1066 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 LIMS1-201ENST00000332345 1235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 PPIA-201ENST00000355968 818 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AL935212.1-201ENST00000377548 906 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 TRPM2-AS-201ENST00000423310 586 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AL158166.1-201ENST00000433110 371 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AL353150.1-201ENST00000456944 583 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 RPL18AP8-201ENST00000486071 528 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 PPIA-208ENST00000489459 907 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AL121796.1-201ENST00000505702 466 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 GDNF-207ENST00000515058 764 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 ZNF576-205ENST00000529930 830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 GMDS-AS1-212ENST00000534160 720 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AC006483.2-201ENST00000609813 515 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 PPIA-210ENST00000620047 827 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AC027559.1-203ENST00000635726 517 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 CD79B-201ENST00000006750 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 ATF4-203ENST00000404241 1910 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 ZBED1P1-201ENST00000502364 1930 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 SLC34A1-204ENST00000512593 1912 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 CACNA1G-202ENST00000354983 8138 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 RANBP1-208ENST00000430524 1389 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 SLC25A3-216ENST00000551917 1359 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 BAIAP2-205ENST00000435091 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 GABRA5-202ENST00000355395 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 SERPINE2-202ENST00000409304 2161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AC003102.2-201ENST00000589195 1469 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 DCST1-201ENST00000295542 2279 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 CCDC51-201ENST00000395694 1560 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 CKM-201ENST00000221476 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 FAS-202ENST00000352159 1722 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 PCDHA12-201ENST00000398631 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 PDGFRL-203ENST00000541323 1905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 NETO2-202ENST00000562435 7481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 DDX42-208ENST00000578681 4337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 STAU2-219ENST00000522509 2173 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 KLHL36-204ENST00000564996 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AP000253.1-201ENST00000449339 2233 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 CUX1-213ENST00000549414 4452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 MAP7-209ENST00000618822 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 PUF60-208ENST00000526683 2412 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 C11orf52-201ENST00000278601 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 Metazoa_SRP.4-201ENST00000366232 298 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 HCG9-201ENST00000376800 663 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 TMEM95-202ENST00000389982 1191 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 VCX3A-202ENST00000398729 808 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 XG-202ENST00000419513 979 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 FOXP4-AS1-202ENST00000432751 409 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 LAMA4-209ENST00000453937 645 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 LINC02063-201ENST00000503415 566 ntTSL 4 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 SRP14-204ENST00000558720 780 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 SNHG15-205ENST00000580458 710 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 POLR2E-204ENST00000586746 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 NAV1-210ENST00000593583 726 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AC005759.1-202ENST00000599416 415 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AC004686.1-201ENST00000605113 538 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 ANKRD20A21P-201ENST00000611282 517 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 AL137793.2-201ENST00000632635 659 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 TXNDC5-204ENST00000473453 1301 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 LINC01837-201ENST00000590021 1320 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 BTBD8-201ENST00000342818 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 RHD-202ENST00000342055 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 LETMD1-235ENST00000552739 1713 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HLA-CQ95604 THUMPD3-AS1-212ENST00000520447 1809 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.9 ms