Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AC074138.1-201ENST00000611182 1303 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 ZNF764-201ENST00000252797 2738 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 RASSF6-202ENST00000335049 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 SLC4A3-204ENST00000373760 4134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 LINC00334-203ENST00000638500 1377 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 STX1A-201ENST00000222812 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 STX1A-204ENST00000395156 2050 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 MLF1-216ENST00000618075 2116 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 VWCE-205ENST00000535710 1437 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 CGGBP1-201ENST00000309534 4495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 HSD17B6-206ENST00000555159 1525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 NCAPD2-201ENST00000315579 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 CROCCP1-201ENST00000426910 5675 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 SPHK2-202ENST00000340932 2492 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 AC025271.4-201ENST00000621477 1726 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 ANKRD44-203ENST00000409153 2724 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 ZBED1P1-201ENST00000502364 1930 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 MAX-204ENST00000358402 1973 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 HNF1B-207ENST00000621123 1971 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 CERS3-202ENST00000394113 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 ZNF7-202ENST00000446747 2242 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 ACSM2B-207ENST00000565232 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 RPP25L-202ENST00000378959 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 AC026320.2-201ENST00000434379 478 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 LINC00322-201ENST00000450205 699 ntTSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 AL035414.1-201ENST00000451327 857 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 AC008723.1-201ENST00000506922 207 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 AP002803.1-201ENST00000528836 498 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 LTBR-209ENST00000541102 1084 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 FANCA-205ENST00000543736 1000 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 VPS18-202ENST00000558474 873 ntTSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 AL845331.2-201ENST00000561882 1044 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 AL031713.1-201ENST00000564813 661 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 ZNF286A-219ENST00000585194 607 ntTSL 4 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 CUTA-215ENST00000611509 1199 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 MIR6756-201ENST00000616240 63 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 IFI27-215ENST00000621160 644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 FRMPD2B-201ENST00000431305 1347 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 ZNF581-203ENST00000587252 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 ZNF333-209ENST00000601134 1392 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 RAB5B-202ENST00000448789 1530 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 AC006063.2-201ENST00000640161 1696 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 LRRC6-205ENST00000519595 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 AC010424.3-201ENST00000635510 1745 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP23-221ENST00000620417 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 CCDC90B-213ENST00000529611 1986 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 FAM86B1-216ENST00000533852 2043 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 TPD52L2-203ENST00000348257 2237 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 ALOX15-205ENST00000574640 2422 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 CASZ1-202ENST00000377022 7936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 SERF2-201ENST00000249786 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 SVOPL-201ENST00000288513 1413 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 EWSR1-204ENST00000333395 1265 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 ZC3H14-204ENST00000336693 2007 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 TRIM9-202ENST00000338969 3312 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 CASP6-202ENST00000352981 1347 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 PITPNM1-201ENST00000356404 4225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 ACAT2-201ENST00000367048 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 JPH2-202ENST00000372980 4787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 AC098934.1-204ENST00000430114 631 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 PSMD13-203ENST00000431206 1591 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 REPS1-208ENST00000450536 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 SCUBE2-202ENST00000450649 2912 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 AC079112.1-201ENST00000454972 939 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 PLA1A-204ENST00000488919 1456 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 ENDOV-229ENST00000523999 864 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 DNM1P30-201ENST00000563586 452 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 AP005264.3-201ENST00000592370 485 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 ZNF528-AS1-202ENST00000596746 929 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 GMFG-209ENST00000600322 622 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 MIR6842-201ENST00000612539 65 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 BID-213ENST00000615414 2236 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 MIR6769A-201ENST00000617340 73 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 AC133540.1-201ENST00000620845 1019 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 AL391005.1-201ENST00000623953 2435 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 OR4C6-202ENST00000641251 1058 ntAPPRIS P1 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 SCAF8-201ENST00000367178 5057 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 ADGRB2-206ENST00000398556 4879 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 FDX1-201ENST00000260270 3206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 LINC00200-201ENST00000425630 2434 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 ALOX15B-204ENST00000572022 2396 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 AL118508.1-201ENST00000613502 2345 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 ELOF1-203ENST00000586683 2154 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 TBXAS1-208ENST00000448866 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 FBXL12-208ENST00000589626 1920 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 HDHD3-201ENST00000238379 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 KYAT1-202ENST00000320665 1623 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 SMTNL1-202ENST00000527972 1649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 BX005266.2-201ENST00000450704 1549 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC87Q9NVE4 OARD1-203ENST00000463088 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms